微生物種類繁多。

它們在自然界的分佈非常廣泛，它們存在於土壤、水、空氣、動植物體和人體中，一些極端環境中也有微生物生存。一、大氣圈中的微生物 大氣圈中含有微生物，但因為大氣中缺乏必需的營養物質和水分，加上太Sunny中的紫外線照射，致使大氣圈不能成為微生物生長繁殖的良好場所。大氣圈中的微生物主要是隨塵埃飄浮到空中去的，而且多數以孢子或其它休眠體形態存在。凡含塵埃較多的空氣，其中所含的微生物種類與數量亦較多。一般在禽畜舍、公共場所、醫院、廁所、宿舍、城市繁華街道和居室內的空氣中，微生物含量較高，而在海洋、高山、森林地帶、終年積雪的山脈或極地上空的空氣中，微生物的含量就極少。空氣中的微生物與空氣中的溫度、溼度等因素密切相關。南方梅雨季節，空氣中溼度大，黴菌含量很高，衣服等日用品極易發黴，而到了秋冬季，空氣中的黴菌含量很少。微生物在大氣中的種類和數量隨地區不同而有很大差異，同塵埃的總量和性質也有密切關係。有些微生物類群經常出現於大氣中，如黴菌、酵母菌、芽胞桿菌。城市上空還經常出現病原微生物。它們的數量和種類隨季節的更替和氣候的變化而有不同，如降水可以將微生物從空氣中移走。氣流是空氣中微生物傳播的主要因素，有些種類可以借氣流跨過大洋，造成世界性的分佈。大氣微生物是環境和衛生科學工作者的重要研究物件。二、岩石圈中的微生物 岩石圈是生物學上不活躍部位。地殼的岩石分為火成岩、沉積岩和變質岩，火成岩內部沒有微生物生活的條件。在岩石的裂隙中和岩石同水分與空氣相接觸的表面則是少數微生物的生境，常有細菌、藻類、真菌、地衣生長，稱為巖生(rock inhabiting)微生物。它們之中有些種類產生有機酸和螯合物，可以溶解矽酸鹽和其它礦物，獲得養料。有些叫內巖生的微生物(endoliths)可以生活在某些岩石碎片層之下，甚至在深達450m岩層中也有生活著的微生物(Amg等，1993)。20世紀90年代有些研究者配合地質勘探進行地下微生物研究，發現岩層中有多種微生物生存。有一個研究組在北美9000多萬年前白堊紀沉積岩的深處含水層發現了厭氧微生物群，包括鐵還原菌、硫酸鹽還原菌和產甲烷菌等，其數量達每毫升地下水4 000個細胞(Sterens and Mckinley，1996)。微生物在地下環境中廣泛地定居，它們具有不同的代謝機制來生存，如食岩石真菌(rock-eating fungi)可以從岩石中獲得養料(Jongmans等，1997)。這是微生物生態學研究得尚少的一個方面。沙漠雖不屬岩石圈範疇，但它在養料貧瘠性上同岩石有類似之處。熱帶沙漠中主要是細菌和藍細菌，寒冷的極地沙漠中除原核生物外，還有真菌生活，以及它們的共生體——地衣的生長。海洋沿岸的許多地方是水圈和岩石圈的介面，常有大量藻類和藍細菌定居在岩石上。三、水圈中的微生物 水圈由淡水和海水兩類水體組成。海洋中的水量佔地球水量的97％，覆蓋著地表的71％，冰川和極地水量佔2％，其餘的水分別存在於湖泊和河流中。在海水和淡水的介面構成河口生境(estuarine habitats)。(一)淡水生境 淡水生境分為靜水(湖泊和池塘等)和流水(大小河溪)兩種情況，它們的理化特性不同，微生物的組成和數量也各異。湖泊在地球上分佈廣泛，性質差別很大。多數微生物成員為土著性的，自養細菌佔有重要地位，常見的光能自養菌為藍細菌、紫色和綠色厭氧光合細菌，經常出現的化能自養菌有亞硝酸細菌、硝酸細菌和硫化細菌。一些外來的微生物隨著徑流而進入湖泊中。水體較深的湖泊中微生物具有明顯的垂直分佈帶，反映了這一生境中光線透人的狀況、溫度和氧氣濃度等理化因素的差異。藍細菌在表面的數量很多，是土著性成員，充足的光線和氧氣適宜於他們進行自養代謝，在湖泊的一定深度以下，氧濃度降低，而硫化氫含量提高，但仍有充足的光線，這裡綠菌科的光能自養菌是主要的土著性成員。紅螺菌科的種類存在於類似環境中，但它們依賴還原性有機物，而不是硫化物作電子供體。異養細菌分佈在整個水體的垂直面中，但它們在可給態有機物濃度高的區域和溫度驟變的溫躍層(thermocline)和湖底常常數量最高。淡水湖底沉降物中的微生物常常不同於水層中的種類。在淺水池中，厭氧性光能自氧細菌存在於沉積物表面，使水體具有相應的顏色。真菌和纖維分解細菌主要存在於湖底的有機殘體上。厭氧性異養細菌也是沉積物中的主要成員，包括假單胞菌屬中具反硝化作用的種類。在沉積物內部則是嚴格厭氧性細菌佔優勢，包括芽胞梭菌、產甲烷細菌和反硫化弧菌。除土著微生物外，常有許多外源微生物隨著土壤的侵蝕和徑流、植物枯枝落葉和城市汙水而進入湖泊，有些種類會迅速死亡而消失。河流中微生物的數量和種類主要受其流經區域的影響，大量的微生物都是外來的，尤其在流經城市的區段中，許多腐生微生物和病