一)心房間隔缺損
1. 原發孔缺損 與室間隔大缺損不容易鑑別，尤其伴有肺動脈高壓者，原發孔缺損的雜音較 柔和，常是右心室肥大，在伴有二尖瓣分裂的可出現左心室肥大，心電圖常有P-R間期延長，心向量圖額面QRS環逆鐘向執行，最大向量左偏，環的主體部移向上向左，有鑑別價值，但最可靠的是心導管檢查，應用超聲心動圖檢查也是鑑別診斷意義，對左心室-右心房缺損的鑑別診斷應予注意。
2. 繼發孔缺損 收縮期吹風樣雜音較柔軟，部位在胸骨左緣第2肋間，多半無震顫，心電圖示不完全右束支傳導阻滯或右心室肥大，而無左心室肥大，額面QRS環多為順鐘向執行，主體部向右向下。
(二)肺動脈口狹窄：瓣膜型的肺動脈口狹窄的收縮期雜音位於胸骨左緣第2肋間，一般不至於與心室間隔缺損的雜音混淆。
漏斗部型的肺動脈口狹窄，雜音常在胸骨左緣第3，第4肋間聽到，易與心室間隔缺損的雜音相混淆，但前者肺X線檢查示肺迴圈不充血，肺紋理稀少，右心導管檢查可發現右心室與肺動脈間的收縮期壓力階差，而無左至右的分流表現，可確立前者的診斷。
心室間隔缺損與漏斗部型的肺動脈口狹窄可以合併存在，形成所謂“非典型的法洛四聯症”，且可無紫紺，需加註意。
(三)主動脈口狹窄：瓣膜型的主動脈口狹窄的收縮期雜音位於胸骨右緣第2肋間，並向頸動脈傳導，不致與心室間隔缺損的雜音混淆，但主動脈下狹窄，則雜音位置較低，且可在胸骨左緣第3，第4肋間聽到，又可能不向頸動脈傳導，需與心室間隔缺損的雜音相鑑別。
(四)肥厚梗阻型原發性心肌病：肥厚梗阻型原發性心肌病有左心室流出道梗阻者，可在胸骨左下緣聽到收縮期雜音，其位置和性質與心室間隔缺損的雜音類似，但此雜音在下蹲時減輕，半數病人在心尖部有返流性收縮期雜音，脈搏呈雙峰狀。
另外，X線示肺部無充血，心電圖示左心室肥大和勞損的同時有異常深的Q波，超聲心動圖見心室間隔明顯增厚，二尖瓣前瓣葉收縮期前移，心導管檢查未見有左至右分流，而左心室與流出道間有收縮期壓力階差，選擇性左心室造影示左心室腔小，肥厚的心室間隔凸入心腔等有助於肥厚梗阻型原發性心肌病的診斷。
(五)心室間隔缺損伴有主動脈瓣關閉不全：需與動脈導管未閉或主動脈-肺動脈間隔缺損鑑別，室上嵴上型的心室間隔缺損，如恰好位於主動脈瓣之下，可能將主動脈瓣的一葉拉下，或由於此瓣膜下部缺乏組織支援被血流衝擊進入左心室等原因，而產生主動脈瓣關閉不全，此時心室間隔缺損本身所引起的收縮期雜音，加上主動脈瓣關閉不全所引起的舒張期雜音，可在胸骨左緣的第3，第4肋間產生連續性雜音，類似動脈導管未閉或主動脈-肺動脈間隔缺損的雜音，但本病的雜音多缺乏典型的連續性，心電圖和X線檢查顯示明顯的左心室肥大，以及右心導管檢查和選擇性指示劑稀釋曲線測定發現右心室水平有左至右的分流可資鑑別。
(六) 動脈導管未閉
有兩種情況不容易鑑別，一是高位室間隔缺損合併主動脈瓣脫垂和關閉不全者，易與典型動脈導管未閉混淆，前者雜音為雙期，後者為連續性;前者主動脈結不明顯，後者增大，二是動脈導管未閉伴有肺動脈高壓，僅有收縮期震顫和雜音者，與高位室間隔缺損鑑別較為困難，前者脈壓差較大，雜音位置較高，主動脈結顯著，較可靠的方法是左心室或逆行性主動脈造影。
(七) 主動脈-肺動脈間隔缺損
室間隔缺損伴有主動脈瓣關閉不全雜音與本病高位缺損主動脈瓣關閉不全者很容易混淆，採用逆行性主動脈造影加以區別。
此外，在晚期患者伴有發紺者，應與其他發紺型心臟病如法洛四聯症，大動脈錯位伴有室間隔缺損等先天性畸形相鑑別，主要靠病史，肺動脈瓣區第二心音的高低，肺紋理多少和心電圖變化等，必要時左右心導管檢查和心血管造影檢查。
一)心房間隔缺損
1. 原發孔缺損 與室間隔大缺損不容易鑑別，尤其伴有肺動脈高壓者，原發孔缺損的雜音較 柔和，常是右心室肥大，在伴有二尖瓣分裂的可出現左心室肥大，心電圖常有P-R間期延長，心向量圖額面QRS環逆鐘向執行，最大向量左偏，環的主體部移向上向左，有鑑別價值，但最可靠的是心導管檢查，應用超聲心動圖檢查也是鑑別診斷意義，對左心室-右心房缺損的鑑別診斷應予注意。
2. 繼發孔缺損 收縮期吹風樣雜音較柔軟，部位在胸骨左緣第2肋間，多半無震顫，心電圖示不完全右束支傳導阻滯或右心室肥大，而無左心室肥大，額面QRS環多為順鐘向執行，主體部向右向下。
(二)肺動脈口狹窄：瓣膜型的肺動脈口狹窄的收縮期雜音位於胸骨左緣第2肋間，一般不至於與心室間隔缺損的雜音混淆。
漏斗部型的肺動脈口狹窄，雜音常在胸骨左緣第3，第4肋間聽到，易與心室間隔缺損的雜音相混淆，但前者肺X線檢查示肺迴圈不充血，肺紋理稀少，右心導管檢查可發現右心室與肺動脈間的收縮期壓力階差，而無左至右的分流表現，可確立前者的診斷。
心室間隔缺損與漏斗部型的肺動脈口狹窄可以合併存在，形成所謂“非典型的法洛四聯症”，且可無紫紺，需加註意。
(三)主動脈口狹窄：瓣膜型的主動脈口狹窄的收縮期雜音位於胸骨右緣第2肋間，並向頸動脈傳導，不致與心室間隔缺損的雜音混淆，但主動脈下狹窄，則雜音位置較低，且可在胸骨左緣第3，第4肋間聽到，又可能不向頸動脈傳導，需與心室間隔缺損的雜音相鑑別。
(四)肥厚梗阻型原發性心肌病：肥厚梗阻型原發性心肌病有左心室流出道梗阻者，可在胸骨左下緣聽到收縮期雜音，其位置和性質與心室間隔缺損的雜音類似，但此雜音在下蹲時減輕，半數病人在心尖部有返流性收縮期雜音，脈搏呈雙峰狀。
另外，X線示肺部無充血，心電圖示左心室肥大和勞損的同時有異常深的Q波，超聲心動圖見心室間隔明顯增厚，二尖瓣前瓣葉收縮期前移，心導管檢查未見有左至右分流，而左心室與流出道間有收縮期壓力階差，選擇性左心室造影示左心室腔小，肥厚的心室間隔凸入心腔等有助於肥厚梗阻型原發性心肌病的診斷。
(五)心室間隔缺損伴有主動脈瓣關閉不全：需與動脈導管未閉或主動脈-肺動脈間隔缺損鑑別，室上嵴上型的心室間隔缺損，如恰好位於主動脈瓣之下，可能將主動脈瓣的一葉拉下，或由於此瓣膜下部缺乏組織支援被血流衝擊進入左心室等原因，而產生主動脈瓣關閉不全，此時心室間隔缺損本身所引起的收縮期雜音，加上主動脈瓣關閉不全所引起的舒張期雜音，可在胸骨左緣的第3，第4肋間產生連續性雜音，類似動脈導管未閉或主動脈-肺動脈間隔缺損的雜音，但本病的雜音多缺乏典型的連續性，心電圖和X線檢查顯示明顯的左心室肥大，以及右心導管檢查和選擇性指示劑稀釋曲線測定發現右心室水平有左至右的分流可資鑑別。
(六) 動脈導管未閉
有兩種情況不容易鑑別，一是高位室間隔缺損合併主動脈瓣脫垂和關閉不全者，易與典型動脈導管未閉混淆，前者雜音為雙期，後者為連續性;前者主動脈結不明顯，後者增大，二是動脈導管未閉伴有肺動脈高壓，僅有收縮期震顫和雜音者，與高位室間隔缺損鑑別較為困難，前者脈壓差較大，雜音位置較高，主動脈結顯著，較可靠的方法是左心室或逆行性主動脈造影。
(七) 主動脈-肺動脈間隔缺損
室間隔缺損伴有主動脈瓣關閉不全雜音與本病高位缺損主動脈瓣關閉不全者很容易混淆，採用逆行性主動脈造影加以區別。
此外，在晚期患者伴有發紺者，應與其他發紺型心臟病如法洛四聯症，大動脈錯位伴有室間隔缺損等先天性畸形相鑑別，主要靠病史，肺動脈瓣區第二心音的高低，肺紋理多少和心電圖變化等，必要時左右心導管檢查和心血管造影檢查。