主線流程：
生化危機2後，男主里昂加入五角大樓成了特工。2004年，美國總統的女兒礙事梨被綁架，綁架者身份、動機不明。有線人提供情報，一個長得象礙事梨的女人在西班牙一個叫泥村的地方出現，被一群黑衣人挾持。里昂奉命前往秘密營救。一進入就遭到當地居民們不計生死地圍剿追殺。後來發現這群居民都被寄生蟲LAS PLAGAS寄生、控制，幕後黑手是邪教（失落光明教會）教主傻得樂和當地領主傻拉閘。邪教將礙事梨也打了寄生蟲想控制她以威脅美國總統。LEON在搜尋中被俘，也被打了蟲卵。後來在從邪教叛逃的研究員路易斯和老相好艾達的幫助下除掉了自己和礙事梨的寄生蟲，並逐一干掉了村長、傻拉閘、五角大樓的叛徒內奸克老傻以及傻得樂，順利救回礙事梨。
分支流程：艾達所屬的組織發現了LAS PLAGAS的存在和失落光明教會的陰謀，威斯卡派克老傻前往臥底並派女主艾達前往偷取寄生蟲樣本。艾達執行任務中發現老相好里昂也來了，於是在執行任務中屢次救他脫險。威斯卡派克老傻除掉里昂，艾達違抗命令從克老傻刀下救回里昂。為防克老傻嚼舌頭，艾達先是利用里昂幹掉他但克老傻未死，於是自己動手除掉他。在執行任務中，原本路易斯要給艾達的寄生蟲樣本被傻得樂奪取，路易斯被殺。後來艾達幫助里昂幹掉傻得樂，然後趁機奪取了里昂得到的樣本，成功返回。
主線流程：
生化危機2後，男主里昂加入五角大樓成了特工。2004年，美國總統的女兒礙事梨被綁架，綁架者身份、動機不明。有線人提供情報，一個長得象礙事梨的女人在西班牙一個叫泥村的地方出現，被一群黑衣人挾持。里昂奉命前往秘密營救。一進入就遭到當地居民們不計生死地圍剿追殺。後來發現這群居民都被寄生蟲LAS PLAGAS寄生、控制，幕後黑手是邪教（失落光明教會）教主傻得樂和當地領主傻拉閘。邪教將礙事梨也打了寄生蟲想控制她以威脅美國總統。LEON在搜尋中被俘，也被打了蟲卵。後來在從邪教叛逃的研究員路易斯和老相好艾達的幫助下除掉了自己和礙事梨的寄生蟲，並逐一干掉了村長、傻拉閘、五角大樓的叛徒內奸克老傻以及傻得樂，順利救回礙事梨。
分支流程：艾達所屬的組織發現了LAS PLAGAS的存在和失落光明教會的陰謀，威斯卡派克老傻前往臥底並派女主艾達前往偷取寄生蟲樣本。艾達執行任務中發現老相好里昂也來了，於是在執行任務中屢次救他脫險。威斯卡派克老傻除掉里昂，艾達違抗命令從克老傻刀下救回里昂。為防克老傻嚼舌頭，艾達先是利用里昂幹掉他但克老傻未死，於是自己動手除掉他。在執行任務中，原本路易斯要給艾達的寄生蟲樣本被傻得樂奪取，路易斯被殺。後來艾達幫助里昂幹掉傻得樂，然後趁機奪取了里昂得到的樣本，成功返回。