三大訴訟證據制度在適用過程中的不同之處:

1、證明責任的分配不同:在刑事訴訟中，證明犯罪嫌疑人、被告人犯罪以及刑責輕重的責任由審判機關、檢查機關、偵查機關承擔，犯罪嫌疑人、被告人原則上不承擔證明自己無罪的責任。行政訴訟中的證明責任，由作為被告的行政機關承擔。民事訴訟中的證明責任，是根據當事人的主張，分別由當事人承擔相應的證明責任。

2、法律規定的證據種類有所不同:被害人陳述、犯罪嫌疑人、被告人供述和辯解是刑事訴訟法規定的特有的證據種類。現場筆錄是行政訴訟法規定的特有的證據種類。

3、證明標準的法律規定不盡相同對證明標準，中國三大訴訟法採取的術語相同，均是“案件事實清楚，證據確實、充分”。民事訴訟法153條規定“事實清楚”，行政訴訟法54條規定“證據確鑿”，但從實質上來說，法律規定的三種訴訟的證明標準是相同的。

4、證明物件不同:刑事訴訟的證明物件主要是有關犯罪行為構成要件和量刑情節的事實。民事訴訟的證明物件主要是民事糾紛產生和發展的事實和民事法律關係構成要素的事實。行政訴訟的證明物件主要是與被訴具體行政行為合法性有關的事實。

5、證明的程式規則不同:刑事訴訟特有的證明程式是偵查和審查起訴過程中的證明規則。民事訴訟特有的證明程式規則體現在處分原則和辯論原則之中。行政訴訟特有的證明程式規則是被告在訴訟過程中不得自行向原告和證人調查手機證據。