1、構成不同

D-葡萄糖醛酸及N-乙醯葡糖胺組成的雙糖單位玻尿酸（Hyaluronan），又稱糖醛酸、透明質酸，基本結構是由兩個雙糖單位D-葡萄糖醛酸及N-乙醯葡糖胺組成的大型多糖類。

膠原蛋白是生物高分子，動物結締組織中的主要成分，也是哺乳動物體內含量最多、分佈最廣的功能性蛋白，佔蛋白質總量的25%～30%，某些生物體甚至高達80%以上。

2、用途不同

透明質酸具有較高臨床價值的生化藥物,廣泛應用於各類眼科手術,如晶體植入、角膜移植和抗青光眼手術等。還可用於治療關節炎和加速傷口癒合。將其用於化妝品中,能起到獨特的保護面板作用,可保持面板滋潤光滑,細膩柔嫩,富有彈性,具有防皺、抗皺、美容保健和恢復面板生理功能的作用。

膠原蛋白因具有良好的生物相容性、可生物降解性以及生物活性，因此在食品、醫藥、組織工程、化妝品等領域獲得廣泛的應用。

3、特性不同

膠原作為醫用生物材料，最重要的特點在於其低免疫原性，與其它具有免疫原性的蛋白質相比，膠原蛋白的免疫原性非常低。人們甚至曾認為膠原不具有抗原性，研究表明：膠原具有低免疫原性，不含端肽時免疫原性尤其低。

透明質酸不被硫酸化，不與蛋白質共價結合，而是以遊離形式或非共價複合體形式存在，它結構雖較簡單但相對分子質量很大，它是唯一不限於動物組織並也產生於細菌中的糖胺聚糖。