自然界的四大元素是: 風,火,水,土, 它們各自有一塊代表的神石。這四塊元素神石連同第五元素, 被外星人--蒙督沙瓦人(MONDOSHAWAN)在1914年帶離了地球。 300年後, 23世紀, 地球面臨著一場浩劫: 一個火熱的星球將撞擊地球。 蒙督沙瓦人帶著第五元素和四大元素神石重返地球, 以幫助地球度過劫數。 可惜攜有第五元素的飛船卻被另一類外星人——孟加羅人(MANGALORE)擊落了。地球人僅獲得第五元素的殘骸。

利用第五元素殘骸的DNA, 地球人成功地重新構造了第五元素: 一個漂亮的紅髮女郎--莉露. 莉露從實驗室跑了出來, 無意中撞到了科本-達拉斯駕駛的計程車上。 莉露被警察追捕, 達拉斯冒險把莉露送到了卡南劉斯神父處。 卡神父深知第五元素的來龍去脈, 他是蒙督沙瓦人在地球的聯絡人, 世世代代等待著第五元素重返地球. 卡神父從莉露口中得知, 風火水土四大元素神石並非與莉露在一起, 而是由蒙督沙瓦人委託一名外星歌唱家帶到了 "失落天堂"星球。 神父決定前往失落天堂取回四塊神石。

與此同時, 地球上的一個地位顯赫的敗類--佐格與孟加羅人勾結, 妄圖奪取四塊神石。 但是, 令佐格大為惱火的是, 孟加羅人帶給他的只是一隻空箱子, 而不是他渴望已久的四塊神石。 這時, 地球聯邦的總統也從蒙督沙瓦人處得知四塊神石被帶到了失落天堂, 於是命令一位將軍派特工人員去取神石. 將軍立即找到了退役的特種部隊上校科本-達拉斯, 希望他能完成這項任務. 達拉斯就與莉露一起乘太空梭前往失落天堂。

在失落天堂, 達拉斯和莉露, 與聞訊趕來的孟加羅人和佐格發生激烈的戰鬥, 終於, 達拉斯從一位外星歌唱家的身上(嚴格地說是肚子裡)得到了四塊元素神石, 但是, 莉露也身受重傷。 此時, 距火熱星球撞擊地球的時間已不足兩小時了, 達拉斯帶著四塊神石和莉露火速趕到埃及的五大元素祭壇。 在達拉斯的鼓勵底下, 莉露在最後關頭終於彙集風火水土四大元素的力量, 制止了火熱星球的推進, 避免了末日的來臨。