15年前的一個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的貨輪“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沉沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這一劫難，只有船長和一名船上的高階幹部不幸罹難身亡。時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是一項重大陰謀的開始。鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麼受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。 然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失…… 獲悉此事的目暮警官帶著一群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總共有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。 為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——油輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人一念之間。柯南開船好不容易追擊上犯人，卻發現自己的推理發生嚴重錯誤，開摩托艇急趕回船。此時，毛利大叔爆發，第一次在柯南之前找出真正的犯人，並將其制服。可是，小蘭為尋找少年偵探團為自己製作的獎牌，被困船艙。柯南與小五郎及時救出小蘭。可是這次掌握一切關鍵的，是新一與小蘭之間超越時間的羈絆。
15年前的一個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的貨輪“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沉沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這一劫難，只有船長和一名船上的高階幹部不幸罹難身亡。時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是一項重大陰謀的開始。鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麼受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。 然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失…… 獲悉此事的目暮警官帶著一群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總共有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。 為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——油輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人一念之間。柯南開船好不容易追擊上犯人，卻發現自己的推理發生嚴重錯誤，開摩托艇急趕回船。此時，毛利大叔爆發，第一次在柯南之前找出真正的犯人，並將其制服。可是，小蘭為尋找少年偵探團為自己製作的獎牌，被困船艙。柯南與小五郎及時救出小蘭。可是這次掌握一切關鍵的，是新一與小蘭之間超越時間的羈絆。