疾控中心主要使命是：

1、透過對疾病、殘疾和傷害的預防控制，創造健康環境，維護社會穩定，保障國家安全，促進人民健康；

2、以科研為依託、以人才為根本、以疾控為中心。在衛生部領導下，發揮技術管理及技術服務職能，圍繞國家疾病預防控制重點任務，加強對疾病預防控制策略與措施的研究，做好各類疾病預防控制工作規劃的組織實施；

3、開展食品安全、職業安全、健康相關產品安全、放射衛生、環境衛生、婦女兒童保健等各項公共衛生業務管理工作，大力開展應用性科學研究，加強對全國疾病預防控制和公共衛生服務的技術指導、培訓和質量控制，在防病、應急、公共衛生資訊能力的建設等方面發揮國家隊的作用。擴充套件資料：疾控中心職責：1、為擬訂與疾病預防控制和公共衛生相關的法律、法規、規章、政策、標準和疾病防治規劃等提供科學依據，為衛生行政部門提供政策諮詢。2、擬訂並實施全國重大疾病預防控制和重點公共衛生服務工作計劃和實施方案，並對全國實施情況進行質量檢查和效果評價。3、指導建立國家公共衛生監測系統，對影響人群生活、學習、工作等生存環境質量及生命質量的危險因素，進行營養食品、勞動、環境、放射、學校衛生等公共衛生學監測；對傳染病、地方病、寄生蟲病、慢性非傳染性疾病、職業病、公害病、食源性疾病、學生常見病、老年衛生、精神衛生、口腔衛生、傷害、中毒等重大疾病發生、發展和分佈的規律進行流行病學監測，並提出預防控制對策。

4、參與和指導地方處理重大疫情、突發公共衛生事件，建立國家重大疾病、中毒、衛生汙染、救災防病等重大公共衛生問題的應急反應系統。配合並參與國際組織對重大國際突發公共衛生事件的調查處理。

5、參與開展疫苗研究，開展疫苗應用效果評價和免疫規劃策略研究，並對全國免疫策略的實施進行技術指導與評價。