一層檔案：管理手冊。二層檔案：程式檔案。三、四層檔案：部門操作檔案、作業指導書、操作規程、各項檢驗標準、技術檔案等。

公司透過取得ISO9001認證能帶來如下的益處：強調以顧客為中心的理念，明確公司透過各種手段去獲取和理解顧客的要求，確定顧客要求，透過體系中各個過程的運作滿足顧客要求甚至超越顧客要求，並透過顧客滿意的測量來獲取顧客滿意程式的感受，以不斷提高公司在顧客心中的地位，增強顧客的信心。明確要求公司最高管理層直接參與質量管理體系活動，從公司層面制定質量方針和各層次質量目標，最高管理層透過及時獲取質量目標的達成情況以判斷質量管理體系執行的績效，直接參與定期的管理評審掌握整個質量體系的整體狀況，並及時對於體系不足之處採取措施，從公司層面保證資源的充分性。明確各職能和層次人員的職責許可權以及相互關係，並從教育、培訓、技能和經驗等方面明確各類人員的能力要求，以確保他們是勝任的，透過全員參與到整個質量體系的建立、執行和維持活動中，以保證公司各環節的順利運作。明確控制可能產生不合格產品的各個環節，對於產生的不合格產品進行隔離、處置，並透過制度化的資料分析，尋找產生不合格產品的根本原因，透過糾正或預防措施防止不合格發生或再次發生，從而不斷降低公司發生的不良質量成本，並透過其他持續改進的活動來不斷提高質量管理體系的有效性和效率，從而實現公司成本的不斷降低和利潤的不斷增長。透過單一的第三方註冊稽核代替累贅的第二方工廠審查，第三方專業的稽核可以更深層次地發現公司存在的問題，透過定期的監督稽核來督促公司的人員按照公司確定的質量管理體系規範來開展工作。獲得質量體系認證是取得客戶配套資格和進入國際市場的敲門磚，也是企業開展供應鏈管理很重要的依據。