一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
1、扣稅憑證丟失時由直接保管人承擔相應責任。
2、丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，且丟失前已認證相符的，由專業部門經辦人負責協調與銷售方聯絡，取得相應專用發票記賬聯影印件(加蓋發票專用章)及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》(以下統稱《證明單》)，並及時傳遞給發票管理人員，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發票記賬聯影印件和《證明單》留存備查，按照扣稅憑證歸檔要求進行管理。丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，由專業部門經辦人負責協調與銷售方聯絡，取得相應專用發票記賬聯影印件(加蓋發票專用章)及銷售方所在地主管稅務機關出具的《證明單》，並及時傳遞給發票管理人員，發票管理人員憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件進行認證，認證相符的，可憑專用發票記賬聯影印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
3、公司丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票的發票聯影印件留存備查;如果丟失前未認證的，可使用專用發票的發票聯認證，專用發票的發票聯影印件留存備查。
4、公司丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯影印件留存備查。
如果只是丟失了增值稅專用發票的抵扣聯或發票聯其中一聯的，處理起來就比較簡單，但如果抵扣聯和發票聯同時丟失的，處理起來相對就複雜很多，增值稅專用發票畢竟不同於普通發票丟失後可以補開，所以一定要小心保管。
一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
1、扣稅憑證丟失時由直接保管人承擔相應責任。
2、丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，且丟失前已認證相符的，由專業部門經辦人負責協調與銷售方聯絡，取得相應專用發票記賬聯影印件(加蓋發票專用章)及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》(以下統稱《證明單》)，並及時傳遞給發票管理人員，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發票記賬聯影印件和《證明單》留存備查，按照扣稅憑證歸檔要求進行管理。丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，由專業部門經辦人負責協調與銷售方聯絡，取得相應專用發票記賬聯影印件(加蓋發票專用章)及銷售方所在地主管稅務機關出具的《證明單》，並及時傳遞給發票管理人員，發票管理人員憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件進行認證，認證相符的，可憑專用發票記賬聯影印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
3、公司丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票的發票聯影印件留存備查;如果丟失前未認證的，可使用專用發票的發票聯認證，專用發票的發票聯影印件留存備查。
4、公司丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯影印件留存備查。
如果只是丟失了增值稅專用發票的抵扣聯或發票聯其中一聯的，處理起來就比較簡單，但如果抵扣聯和發票聯同時丟失的，處理起來相對就複雜很多，增值稅專用發票畢竟不同於普通發票丟失後可以補開，所以一定要小心保管。