首先，所有的民航飛機都是有空中管制的，每一次飛行計劃都必須提前報知民航空管部門，如果是國際航線，還要和途經國家的民航空管部門提前溝通。

當地面空管站的雷達監測到客機的訊號後，就會透過雷達向客機發射編碼詢問訊號，民航客機上都安裝有自動問答機，並根據機上應答機發出的回答訊號來判定飛行物是友好的還是有敵意的，

應答機是由英國空軍和美國陸軍航空隊於第二次世界大戰中開發的雷達敵我識別系統中演化而來。20世紀50年代航空界開始使用二次雷達配合應答機進行通用航空和商用航空的航空管制。雷達和每架航班的應答機都有事先規定的不同編碼組和頻率。代號是一組4位8進位制數字，透過分配應答機代號，航空管制員可以對飛行器進行區分。簡單而言就是透過問答方式測定目標的距離和方位，同時還可從機載應答機的回答訊號中獲取包括航班號在內的多種資訊。　　

除了民航客機，軍機上也都裝有敵我識別應答機，便於接受來自己方空管系統的詢問。在大多數國家，民航的空管系統和防空部隊的空管系統都是獨立的，但是兩者之間的聯絡非常密切。為了國土防空的需要，民航空管中心必須按規定的程式將所有國際飛行計劃，傳送給防空部門。防空部門設有防空識別區，對沒有飛行計劃且無法識別的飛機，防空部門立即派飛機攔截查明情況。所以，一般情況下，有計劃飛行的民航客機不會被誤判為入侵的軍機。