《三國演義》中記載：華佗給曹操治病，說要想治好病，必須開顱做手術；曹操一聽這話，以為華佗要殺害自己，所以就把華佗殺了。由此得出結論，曹操殺華佗，是因為多疑。這並不能完全可信。

還有一種說法，說華佗野心太大，仰仗自己高明的醫術，要挾曹操向他要官，所以曹操一怒之下把華佗殺了。這種說法也值得推敲。

其實，結合多種史料，更符合實際的一種說法是：曹操患了“頭風”病，請華佗醫治。華佗看了之後，說：“此近難濟，恆事攻治，可延歲月。”意思就是你這個病必須得長期治療。就在這時，華佗收到家書，於是借妻子病重為由，回家去了。幾日後，曹操請華佗治病，華佗卻不去了，說妻子還沒有治好。曹操派人暗中調查，發現華佗妻子並沒有生病。於是，曹操以“欺騙罪”和“不從徵召罪”。把華佗處死了。

華佗撒謊，主要原因是不想留在宮中給曹操一人看病，想在民間給老百姓看病。但是，在古代社會里，面對官府的要求，哪有一個郎中做主的權利，只能服從；不服從者，必死。所以說害死華佗的，是他的固執。

古人曾有兩大理想，不為良相，劉為良醫。曹操為良相，華佗為良醫，兩人各幹各的事業，井水不犯河水，更沒有什麼深仇大恨，兩人還都是沛縣老鄉，要說更應該互相提攜互相照顧，誰也沒想到最後兩人竟反目成仇，曹操還把華佗殺了，這給後世留下了千古疑問，那就是華佗到底犯了曹操哪根筋，非得叫曹操不殺華佗不行？

事情還得從病人和醫生的關係說起。曹操貴為大漢丞相，可人吃五穀雜糧，誰能不生個病鬧個災的？問題是曹操得的是偏頭風，一騰起來就哭爹叫娘滿地打滾。這不，華佗是那時候有名的神醫，外科手術那可是驚天地泣鬼神。於是華佗就來給曹操治頭疼了。拿個銀針望頭上一紮，曹操的頭立馬就不疼了。於是曹操就離不開華佗了，那意思就是你華佗也別天天東奔西跑給老百姓看病了，今後就當我的專職保健醫生好了。華佗幹了一段時間，覺得沒有意思，沒有一點成就感，就對曹操說有的藥方忘到家裡了，得回家一趟。曹操也很通情達理，就派車把華佗送回了老家。華佗一回家就不想再為曹操服務了，就撒個謊說老婆有病脫不開身，曹操呢是一封接著一封書信催，說我的身體關係到國家興亡人民福祉，你趕緊過來吧。華佗估計也沒把曹操放到眼裡，反正不管是曹操催，地方官逼，華佗就是一根筋，老子就是不伺候你阿瞞了，愛咋咋的吧。

這下曹操惱了！說去看看華佗到底咋回事，要是老婆真有病，給他送送四十石小米，要是老婆沒病，就好好說說他的事！結果有人到華佗家一看，華佗老婆正眉開眼笑和華佗恩恩愛愛呢。華佗感覺理虧，就硬著頭皮上路了。見了曹操，曹操問他，我的病咋辦？華佗說，你的病不大好辦，只能將就著治療苟延殘喘，曹操說有沒有根治病根的方法，華佗說，有啊，把頭用斧頭劈開，把頭腦裡風涎取出來就好徹底了。

曹操一聽，說來說去你是想要孤的老命啊，這還了得，拉出去砍了，就這樣華神醫就一命嗚呼了。這是三國演義的說法。其實真正的原因是華佗雖說當了神醫，名利雙收，可一看到曹操取得一人之下萬人之上成就和千軍萬馬對他畢恭畢敬的樣子，華佗有點羨慕嫉妒恨。華佗也有報國之志啊，就像李白不甘心做唐明皇的御用文人一樣，華佗顯然是想趁著給曹操治病機會，謀個高官厚祿最敗興弄個太醫令也行啊，可給曹操服務大半年，曹操是黑不提白不提，一點好處都沒有。華佗心裡多鬱悶啊，礙於知識分子的清高，又不肯張口給曹操要權要錢。這樣一個良醫給良相打啞迷，那裡曹操給華佗充二愣子，醫生和病人的疙瘩就結下了。

說到底是華佗想讓曹操猜心事，你想曹操天天日理萬機那顧得上華佗的小小煩惱啊，曹操可能也想你華佗就是給人看個病還能有啥大本事啊，所以曹操就忽略了華佗非常渴望上進的心理。華佗一看曹操這廝天天給這個那個加官進爵，連提都不提自己，就一是辭職撂挑子，二是劈開你阿瞞腦殼，這樣曹操真正惱了不管荀彧怎麼說情，一下子就成了最無恥最彪悍的“醫鬧”，你不給我看病，我就要了你的命！

其實曹操殺了華佗以後也非常後悔，一個是他的頭疼犯了再也沒人給他扎針了，另外就是他的愛子曹衝要是華佗在也不會早夭。不管怎麼說這是兩個人的悲劇，也是沒有病人和醫生沒有認真溝通的悲劇。