首先我們要重新調整一下，諸葛亮在我們心中的形象。歷史上的諸葛亮其政治能力要比其軍事能力要強一些。

在小說《三國演義》裡面將諸葛亮描述的神鬼莫測是不符合歷史事實的：比如：上戰場之前交給各部隊的將領一個錦囊，然後等到了關鍵時刻再開啟，裡面有早已擬定好的計策。

那只是小說的演繹，真正的戰爭要是那樣子的話就成了兒戲了。戰爭是很殘酷的。

史書記載諸葛亮的功績有：隆中決策（制定戰略目標和實施計劃），促使孫劉聯盟，協助周瑜擊退曹操（外交，後勤保障和軍事謀劃），幫助劉備奪取荊州（軍事），後期幫助劉禪治理蜀國（政治）平定南方和北伐（軍事）

綜上所述，諸葛亮的功績可以表現出他的軍事能力。但再我們仔細分析一下：赤壁之戰中，諸葛亮最主要作用是促使結盟，其他都是從旁協助。因為歷史記載的赤壁之戰中，孫權付出的資源和兵力佔了絕大多數。我出的力最多為什麼要你來指揮呢？我自己這裡又不是缺乏人才。

幫助劉備奪取荊州，如果不是孫權答應了可以借給他，孫劉兩家就會兵戎相見，此時曹操可能會趁虛而入，這不符合兩家的共同利益。所以這件事與諸葛亮的政治謀略更相關。

至於平南蠻和北伐戰爭，一個打了七次，勞民傷財，另一個根本沒有取得實質性進展。

所以諸葛亮的軍事能力可能沒有我們想象的那樣厲害。

再來看司馬懿

歷史記載中他的主要功績是：平定遼東（軍事），新城之戰（軍事），抵抗諸葛亮北伐（軍事），對陣五丈原（軍事），屯田水利（經濟）

我們可以看出司馬懿的才能很大程度上體現在軍事上。而且每一場戰爭都是作為第一領導人身份參與的。

那麼這就出現了一個問題：為什麼在北伐戰爭中，司馬懿總是處於被動的一方？為什麼沒有直接擊敗諸葛亮，南下滅蜀呢？

我們知道《孫子兵法》裡有一句話叫做：知己知彼，百戰不殆。還有一句叫做，以己之長，攻彼之短。

司馬懿在抵抗諸葛亮的進攻之時，就完美的將這兩句話進行了具體的實施。

他知道諸葛亮最怕的就是自己不和他正面對抗，而是打持久戰。

諸葛亮自己更清楚，所以不停的挑釁司馬懿，但司馬懿不為所動，以逸待勞，所以到最後結果是諸葛亮病死五丈原。

從這點上來看，諸葛亮屬於知道自己的短處，也知道敵人的長處，但仍然背道而馳。而司馬懿卻只需要以逸待勞，就能輕鬆拿下這場戰役，這與他有著極高的軍事才能是分不開的。

在這一點上，諸葛亮的確遜色於司馬懿

當然諸葛亮厲害，司馬懿被死諸葛亮還嚇得退兵了，司馬懿也不敢和諸葛亮正面交戰，只是司馬懿心態好，活的比諸葛亮久，而諸葛亮一人要處理蜀中軍政要務，壓力太大了，所以先死了。

題主想問真實歷史中諸葛亮和司馬懿誰厲害，那我們就拋開三國演義，只看正史。

在正史中我們可以看到諸葛亮與司馬懿的第一次發生在諸葛亮的第五次北伐，但對於此戰的記載卻出現了兩個不同的版本，《晉書》說是司馬懿大破蜀軍，而《漢晉春秋》則記載諸葛亮力挫魏軍，具體戰況如何我們不得而知，但就結果而言，諸葛亮第四次伐魏失敗，而諸葛亮也搭上了魏國名將張郃，不管是張郃主動出擊還是聽司馬懿命令出擊，司馬懿都有不可推卸的責任，所以第一次交鋒就算平手吧。

第二次交鋒則發生在第六次北伐中，諸葛亮因糧少想速戰，而司馬懿則看出諸葛亮的弱點，堅守不出，最終耗死諸葛亮，贏得了這場戰役的勝利。

由諸葛亮和司馬懿的兩次交鋒可以看出雖說司馬懿以一平一勝的戰績穩壓諸葛亮一頭，但可以看出，司馬懿在國力兵力形式有絕對優勢的情況下，仍然要以龜縮不出，最後比拼壽命的方法決出勝負，可見司馬懿應該略遜與諸葛亮一籌的。

說到這裡可能有人會不服了，說這只是司馬懿對戰的一種策略，那我們就從司馬懿以往的戰役看看他是如何破敵的。

晃初七年，曹丕病逝，司馬懿擊退孫權，又擊敗諸葛瑾，斬殺張霸。

太和元年，司馬懿攻孟達，八日行軍，十六日攻破城池，斬殺孟達。

景初二年，攻遼東公孫淵，三戰皆捷，斬公孫淵。

從以上戰役可以看出，司馬懿除了對諸葛亮時採用固守的策略，其餘都是速戰速決的，以此可以看出，在司馬懿在有絕對優勢的情況下扔不速戰速決，可能在司馬懿心中也沒有必勝諸葛亮的把握吧。

所以，雖說諸葛亮在與司馬懿的對戰中一平一敗，但我還是認為諸葛亮略勝一籌。