2003年1月28日，廣州市疾病控制中心接到第一例市內非典報告。聯想到不久前在廣東省河源、中山等市所出現的不明肺炎病例，廣州市衛生局領導意識到，這不是普通疾病。如果控制不好，可能會造成大面積的傳播。於是，立即指示廣州市疾控中心，第一時間組織流行病學調查和樣本採集，對全市醫療控制機構發出了工作指引和病例報告要求。

　　廣州市疾控中心以最快速度建立了一整套疫情報告的流程、報表和相應的操作規程。該監測報告系統規定：醫院在接到疑似病例後，應報告當地區、縣疾控中心，區、縣疾控中心應立即對病例進行個案調查，詳細瞭解病人個人症狀、過去一週去過哪些地方、個人職業、家中或同事、朋友中有無發生同樣症狀等情況；並對密切接觸的人群進行隔離，對患者所處環境進行相應的消毒。核實無誤後立即報告上級衛生和疾控部門。

　　1月31日下午，廣州市13個區、縣疾控中心宣佈，從即日起對這種不明病因肺炎實行“零報告”和“日報告”制度，全面啟動市、區、街道三級監測報告系統。這成為中國最早建立的非典監測網。

　　按照傳染病管理模式，病例按戶口所在地進行調查。2月1日，有醫院反映，出現多家疾控中心對同一收治醫院的病例進行調查的情況。廣州市衛生局和疾病控制中心及時調整：醫院屬地疾控部門負責該醫院住院病人的流行病學調查，而常住地疾控部門進行疫點處理和對患者及其密切接觸者的跟蹤，並核實、合併各類疫情報表。這種及時調整，既避免了重複勞動，也保證了疫情資料的完整和準確。

　　建立疑似病例的資料庫，保證及時發現感染者

　　由於當時正是流感多發季節，疾病報告過程中會出現許多疑似病例，但為保證及時發現感染者，將每一例患者的傳播性減到最低，廣州市各級疾控中心接到疑似病例的報告後，仍然按照確診病例的方式處理，並另外建立了一個疑似病例的資料庫，定期派專人對疑似病例進行回訪，力求儘快掌握疑似病例的最終結果。

　　廣州市疾控中心主任杜琳說：“雖然大量的疑似病例加大了疾控中心的難度和強度，但為了對人民負責，再難再煩我們也不敢有一絲的疏忽和大意。”

　　從2003年春節到現在，廣州市、區(縣)兩級疾控中心為非典疫情的監測和報告付出了大量辛勤勞動，每一個數據都包含著他們的心血，每例病例都經過他們與患者面對面的核實。

　　4月初，世界衛生組織考察組專家在廣州市疾控中心考察時，對其電腦資料庫、每天的報告表格和特殊聚集性病例分析等資料，進行詳細詢問和檢查。他們高度評價說，這些資料真實可靠。