當病菌遇到人類宿主時，細菌病原體可能會產生破壞宿主防禦的幾個反應，並利用各種機制逃避甚至突破宿主的防禦。

與宿主相互作用的細菌成分包括:

(1)用於“抑制”吞噬作用並保護病原體免受巨噬細胞和嗜中性粒細胞吞噬的膠囊；

(2)可引起膿毒性休克的脂多糖和細胞壁成分；

(3)可用於破壞宿主細胞和幫助入侵的毒素；

(4)促進病原體與宿主表面結合的粘附素。

這些不同的機制在感染髮病機制中發揮作用的程度取決於細菌種類或菌株、病原體進入的位置、宿主的免疫狀態和其他類似因素。

一旦附著到宿主表面，細菌病原體可能進一步侵入宿主組織。病原體可以透過表達和分泌消化宿主細胞外基質蛋白和多糖的蛋白酶和聚糖酶，進一步入侵進入到組織中。此外，病原體也可能侵入宿主組織細胞並進入細胞。這可以透過巨噬細胞和中性粒細胞的自然吞噬機制來促進，或者透過誘導攝取來促進，其中病原體向宿主細胞發出吞噬粘附細菌的訊號。

病原體誘導攝取的常見策略是使用第三類分泌系統，將細菌訊號蛋白注入宿主細胞。在宿主細胞內，病原體可能存在於吞噬體(與溶酶體融合的吞噬體)、未與溶酶體融合的吞噬體或宿主細胞胞質溶膠內。

病菌進入宿主體內後，大量繁殖，產生有害毒素，宿主免疫機制失效，就得病了，甚至危及人命。