DNA電泳一般使用的都是瓊脂糖凝膠電泳，電泳的驅動力靠DNA骨架本身的負電荷。 聚丙烯醯氨（PAGE）凝膠電泳用於蛋白質與寡糖核苷酸的分離。電泳的驅動力靠與蛋白質結合的SDS上所攜帶的負電荷。蛋白質電泳（一般指SDS-PAGE）根據蛋白分子量亞基的不同而分離蛋白。蛋白質亞基的電泳遷移率主要取決於亞基分子量的大小，電荷因素可以忽視。 所以相同點就是樣品都是帶負電荷的，從負極向正極移動，移動的距離都和樣品的分子量有關。而且這兩個電泳體系可以互相交換使用。進行大分子蛋白質電泳時，可以考慮換用瓊脂糖凝膠，因為該體系孔徑大。相反，如果需要精確到各位數鹼基的DNA電泳也可以使用聚丙烯醯胺凝膠系統，因為使用該系統可以將相差一個鹼基的兩條DNA鏈分開。 不同點首先是樣品不同。這個就不用多說了。其次是結果的觀察方法不同。DNA電泳普遍使用EB做染料，在紫外燈下觀察；而蛋白電泳使用的考馬斯亮藍染色，還需要經過脫色步驟，不過觀察起來比較簡單。還有就是膠體系的差別，DNA電泳通常是一膠跑到底，而蛋白質電泳則會有分離膠和濃縮膠之區別。 電泳中樣品移動的本質確實是樣品所攜帶的電荷。但是，區分這些條帶直接可以用分子量而無需使用電荷數，是因為這些樣品的電荷/分子量比都是恆定的了。以DNA分子為例，它在電泳中的移動是靠其骨架中磷酸所攜帶的負電荷來實現的，而這個磷酸分子又是每一個核苷酸中都有的，所以DNA分子所攜帶的負電荷數是由其核苷酸總數決定的。而且，DNA分子中核苷酸的組成動輒成百上千，在如此大的分子量面前，討論單個核苷酸之間分子量的差別就顯得毫無意義。這樣，DNA分子中負電荷的量就可以用DNA的分子量來代替，反過來，DNA的分子量也就可以用DNA分子所攜帶的電荷來代替（一句話，DNA分子的電荷/分子量比是恆定的）。 這在蛋白電泳中（特別是SDS-PAGE中）是一樣的。在SDS-PAGE中，SDS將蛋白質變性成直線分子並緊密包裹於其上，使得其所攜帶的電荷與蛋白分子量成了一定的比例，剩下的就和核酸電泳一樣了。 至於為什麼核酸的橫著跑，蛋白豎著跑，個人認為最大的問題是蛋白制膠的過程導致的。蛋白制膠由於使用了兩種不同的凝膠系統，所以需要一個水平的分介面。這個分介面在配膠的過程中是依靠異丙醇在重力作用下的壓力下形成的。所以，一併就豎著跑了～～