微生物的染色方法很多，各種方法應用的染料也不盡相同，但是一般染色都要透過製片及一套染色操作程式。
1、製片 在乾淨的載玻片上滴上一滴蒸餾水，用接種環進行無菌操作，挑取培養物少許，置載玻片的水滴中，與水混合做成懸液並塗成直徑約1釐米的薄層，為避免因菌數過多聚成集團，不利觀察個體形態，可在載玻片之一側再加一滴水，從已塗布的菌液中再取一環於此水滴中進行稀釋，塗布成薄層，若材料為液體培養物或固體培養物中洗下製備的菌液，則直接塗布於載玻片上即可。
2、自然乾燥 塗片最好在室溫下使其自然乾燥，有時為了使之幹得更快些，可將標本面向上，手持載玻片一端的兩側，小心地在酒精燈上高處微微加熱，使水分蒸發，但切勿緊靠火焰或加熱時間過長，以防標本烤枯而變形。
3、固定 標本乾燥後即進行固定，固定的目的有三個： 1）殺死微生物，固定細胞結構。 2）保證菌體能更牢的粘附在載玻片上，防止標本被水沖洗掉。 3）改變染料對細胞的通透性，因為死的原生質比活的原生質易於染色。 固定常常利用高溫，手執載玻片的一端（塗有標本的遠端），標本向上，在酒精燈火焰外層儘快的來回透過3—4次，共約2—3秒鐘，並不時以載玻片背面加熱觸及面板，不覺過燙為宜（不超過60℃）,放置待冷後，進行染色。 以上這種固定法在微生物實驗室中雖然應用較多普遍，但是應當指出，在研究微生物細胞結構時不適用，應採用化學固定法。化學固定法最常用的固定劑有：酒精（95%），酒精和醚各半的混合物，丙酮，1—2%的餓酸等。餓酸能很快固定細胞但不改變其結構，故較常用。應用餓酸固定細胞的技術如下：在培養皿中放一玻璃，在玻璃上放置玻璃毛細管，在毛細管中注入少量的1—2%餓酸溶液，同時在玻璃上再放置溼標本塗片的載玻片，然後把培養皿蓋上，經過1—2分鐘後把標本從培養皿中取出，並使之乾燥。
4、染色 標本固定後，滴加染色液。染色的時間各不相同，視標本與染料的性質而定，有時染色時還要加熱。染料作用標本的時間平均約1—3分鐘，而所有的染色時間內，整個塗片（或有標本的部分）應該浸在染料之中。 若作複合染色，在媒染處理時，媒染劑與染料形成不溶性化合物，可增加染料和細菌的親和力。一般固定後媒染，但也可以結合固定或染色同時進行。 5、脫色 用醇類或酸類處理染色的細胞，使之脫色。可檢查染料與細胞結合的穩定程度，鑑別不同種類的細菌。常用的脫色劑是95%酒精和3%鹽酸溶液。
6、復染 脫色後再用一種染色劑進行染色，與不被脫色部位形成鮮明的對照，便於觀察。革氏染色在酒精脫色後用番紅，石碳酸復紅最後進行染色，就是復染。
7、水洗 染色到一定的時候，用細小的水流從標本的背面把多餘的染料沖洗掉，被菌體吸附的染料則保留。
8、乾燥 著色標本洗淨後，將標本晾乾，或用吸水紙把多餘的水吸去，然後晾乾或微熱烘乾，用吸水紙時，切勿使載玻片翻轉，以免將菌體擦掉。
9、鏡檢 乾燥後的標本可用顯微鏡觀察。選取好的製片。
10、密封 蓋上蓋玻片在兩側加入密封膠，待膠凝固後，製作永久裝片。
綜上所述，裝片製備的基本程式如下： 製片→固定→媒染→染色→脫色→復染→水洗→乾燥→鏡檢→密封→貯存→OK
微生物的染色方法很多，各種方法應用的染料也不盡相同，但是一般染色都要透過製片及一套染色操作程式。
1、製片 在乾淨的載玻片上滴上一滴蒸餾水，用接種環進行無菌操作，挑取培養物少許，置載玻片的水滴中，與水混合做成懸液並塗成直徑約1釐米的薄層，為避免因菌數過多聚成集團，不利觀察個體形態，可在載玻片之一側再加一滴水，從已塗布的菌液中再取一環於此水滴中進行稀釋，塗布成薄層，若材料為液體培養物或固體培養物中洗下製備的菌液，則直接塗布於載玻片上即可。
2、自然乾燥 塗片最好在室溫下使其自然乾燥，有時為了使之幹得更快些，可將標本面向上，手持載玻片一端的兩側，小心地在酒精燈上高處微微加熱，使水分蒸發，但切勿緊靠火焰或加熱時間過長，以防標本烤枯而變形。
3、固定 標本乾燥後即進行固定，固定的目的有三個： 1）殺死微生物，固定細胞結構。 2）保證菌體能更牢的粘附在載玻片上，防止標本被水沖洗掉。 3）改變染料對細胞的通透性，因為死的原生質比活的原生質易於染色。 固定常常利用高溫，手執載玻片的一端（塗有標本的遠端），標本向上，在酒精燈火焰外層儘快的來回透過3—4次，共約2—3秒鐘，並不時以載玻片背面加熱觸及面板，不覺過燙為宜（不超過60℃）,放置待冷後，進行染色。 以上這種固定法在微生物實驗室中雖然應用較多普遍，但是應當指出，在研究微生物細胞結構時不適用，應採用化學固定法。化學固定法最常用的固定劑有：酒精（95%），酒精和醚各半的混合物，丙酮，1—2%的餓酸等。餓酸能很快固定細胞但不改變其結構，故較常用。應用餓酸固定細胞的技術如下：在培養皿中放一玻璃，在玻璃上放置玻璃毛細管，在毛細管中注入少量的1—2%餓酸溶液，同時在玻璃上再放置溼標本塗片的載玻片，然後把培養皿蓋上，經過1—2分鐘後把標本從培養皿中取出，並使之乾燥。
4、染色 標本固定後，滴加染色液。染色的時間各不相同，視標本與染料的性質而定，有時染色時還要加熱。染料作用標本的時間平均約1—3分鐘，而所有的染色時間內，整個塗片（或有標本的部分）應該浸在染料之中。 若作複合染色，在媒染處理時，媒染劑與染料形成不溶性化合物，可增加染料和細菌的親和力。一般固定後媒染，但也可以結合固定或染色同時進行。 5、脫色 用醇類或酸類處理染色的細胞，使之脫色。可檢查染料與細胞結合的穩定程度，鑑別不同種類的細菌。常用的脫色劑是95%酒精和3%鹽酸溶液。
6、復染 脫色後再用一種染色劑進行染色，與不被脫色部位形成鮮明的對照，便於觀察。革氏染色在酒精脫色後用番紅，石碳酸復紅最後進行染色，就是復染。
7、水洗 染色到一定的時候，用細小的水流從標本的背面把多餘的染料沖洗掉，被菌體吸附的染料則保留。
8、乾燥 著色標本洗淨後，將標本晾乾，或用吸水紙把多餘的水吸去，然後晾乾或微熱烘乾，用吸水紙時，切勿使載玻片翻轉，以免將菌體擦掉。
9、鏡檢 乾燥後的標本可用顯微鏡觀察。選取好的製片。
10、密封 蓋上蓋玻片在兩側加入密封膠，待膠凝固後，製作永久裝片。
綜上所述，裝片製備的基本程式如下： 製片→固定→媒染→染色→脫色→復染→水洗→乾燥→鏡檢→密封→貯存→OK