通過了120，121道路到達了ミナモシティ市，這裡有最大的百貨大樓，在這裡補充好道具，收集好情報後然後到122號道路中央的小島上，先在島的內部得完所有的道具，然後再到外部去解救被水之團包圍的一對老夫婦，擊退水之團後老夫婦會送給我一件道具。然後到カイナシティ市的碼頭，會發現潛水艇被水之團盜走了，於是我追到了ミナモシティ市右邊海灘的上方，發現了水之團的基地，當追到最底部時發現潛水艇已經開走了……鬱悶呢～（注意在基地裡可以得到大師球，一定要仔細找，是4個球放在一起的，其中兩個是頑皮彈，呵呵）我透過127，128號水道來到了トクサネシティ鎮，在這裡有第七個會館，這個會館是超人系的，會館的首領是雙胞胎，所以與首領對戰的方式也是2V2，在開戰前一定要把第二隻精靈設定好。在解決他們後會得到超人系徽章，並且可以在平時使用潛水了。　　出道館後在鎮的左上方民居里會得到08號秘傳機器（潛水）然後到127號，128號水道，看見是深藍色的區域就使用潛水，如果是潛到了ルネシティ鎮就記住位置，先不進去，直到潛到進入一個山洞後有個潛水艇的地方就對了，進去後裡面迴游大量的水之團成員，一路打倒不少人後來到最裡面，會發現水之團的首領（藍寶石）或是熔岩團的首領（紅寶石）和傳說中的神獸，紅寶石則是グラードン，藍寶石則是カイオーガ。但因為神獸發怒將整個海底山洞破壞了，神獸也不知去向了，而且天空中也下起了大雨（藍寶石版是下雨，紅寶石版是刮沙塵暴）隨後趕到ルネシティ鎮，會發現神獸逃到了鎮裡的山洞裡，（好可憐～）在山洞中隨便還拿到了07號秘傳機器（攀瀑布），最後到了洞的最深處，與神獸交戰，大戰一場後終於將它收入球中，（來吧，我來保護你～）這時大陸上的天氣也恢復了正常