國家級疾病預防控制機構主要職責為：

一 實施全國重大疾病預防控制工作規劃，開展質量檢查和效果評估；組織實施全國性重大疾病監測、預測、調查、處理，研究全國重大疾病與公共衛生問題發生發展規律和預防控制策略；

二 建立突發公共衛生事件監測與預警機制，指導和參與地方傳染病疫情和重大突發公共衛生事件調查處理，參加特大突發公共衛生事件的處理工作;

三 開展免疫規劃策略研究和實施效果評價，對預防性生物製品應用提供技術指導；

四 建立質量控制體系，促進全國公共衛生檢驗工作規範化；負責國家疾病預防控制實驗室網路技術管理和菌毒種儲存管理；

五 建立國家級疾病預防控制資訊網路平臺，管理全國疫情、突發公共衛生事件和健康危害因素等相關公共衛生資訊網路；

六 建立食品衛生安全、職業衛生、放射衛生和環境衛生等公共衛生危險性評價、監測和預警體系，研究和推廣安全性評價新技術、新方法；

七 組織實施國家健康教育與健康促進專案；

八 承擔衛生行政部門委託的與衛生監督執法相關的檢驗檢測及技術仲裁工作，負責指導全國職業病診斷鑑定工作；

九 負責疾病預防控制高階專業技術人員技術培訓和省級疾病預防控制機構業務考核；為各級疾病預防控制機構指導醫療機構開展傳染病防治工作提供規範性指導；

十 開展疾病預防控制應用性科學研究，開發和推廣先進技術；擬訂國家公共衛生相關標準。