東漢末年，鎮壓黃巾起義之後，群雄割據，軍閥混戰。淮南袁術妄自稱帝。漢獻帝派皇叔劉備前去討伐。丞相曹操讓親信朱靈和路昭作為監軍隨同出征。劉備帶領關羽和張飛與朱靈路昭一起殺奔袁術的老巢——徐州東北的洞窟。在迂迴的山路中，與袁術部下紀靈遭遇，劉備軍發動總攻擊，將他們一舉全殲。劉備軍繼續前進，在洞窟附近又擊敗了袁胤。劉備軍深入洞窟，追擊企圖逃走的袁術，劉備軍且戰且養，恢復兵力，經過一次次的攻擊，終了消滅了袁術。
劉備軍凱旋來到徐州，朱靈路昭辭別劉備回都城向曹操報捷去了。城中陳登提醒劉備，劉備等人密謀曹操的計刎洩露了，曾在血書上簽字的其他幾人都慘遭殺戮、徐州人守車胄已奉曹操之命，伺機殺害劉備。突然，車胄來襲，劉備軍奮力自衛還擊。殺了車胄。這時，陳登又建議劉備讓城北鄭玄——袁紹的老師作中介投奔袁紹。 劉備軍剛一出城，就遭到了曹操的圍攻。驚慌之中，劉備軍向河北方向殺開一條血路。突然他發現關羽和張飛失散了，只有陳登緊隨其後。他們二人只好去找鄭玄，途中聽人勸告在鄭玄茅廬南面的洞窟裡取得了地圖（ちず）。二人請鄭玄寫了一封引薦信（ェンショゥヘのこがみ）就來到了河北。
袁紹一見劉備，就怒不可遏，定要為弟弟袁術報仇，但看了鄭玄的信，馬上轉怒為喜，決定和劉備聯起於來，對付他們共同的敵人——曹操。袁紹當即請劉備和河北名將顏良一起出兵白馬坡，與曹操決一死戰。 他們從渡口乘船出發，要經過洛陽城上方的三個要塞。他們很快突破了由魏續把守的第一個要塞，但第二個要塞由曹操的親信名將樂進等人把守。他們先回冀州恢復兵力，然後揮師殺回，顏良勢如破竹，很快突破了第二個要塞，一鼓作氣直逼曹軍的大本營。突然曾軍中出現一位手持青龍僵月刀的將軍擋在劉備軍的前面，不到一個回合，斬顏良於馬下。劉備軍見勢不妙，撤回冀州。袁紹又急令文丑出征，但也被刀斬了。袁紹連折二將，損失巨大，經打聽，才知誅顏良斬文丑的將軍原來劉備的義弟關羽，於是逼劉備派出密使，招降關羽。 密使來到宛城，見到了迫不得已假降曹操的關羽。關羽辭別了曹營，保著劉備夫人（可從劉備夫人手中得到赤兔馬せきとぱ裝備後移動力快一倍），向冀州奔來。
天色已晚，關羽一行向路旁一戶人家借宿。次日早晨辭別時，主人給他們一封信（コハソヘのこがみ），請他們轉交給正在榮陽太守王植手下當差的兒子胡班。
前往冀州的路上，共有五道關卡，必須由關羽一人突破，關羽只好自任軍師。現在不能恢復兵力，因此要儘量減少傷亡，並且，只有一點策略值，所以要謹慎行事。 關羽一行過東嶺關斬了孔秀，到洛陽殺了韓福，接著來到汜水關，太守卞喜假意宴請，卻暗藏伏兵，關羽識別他的詭計，劈卞喜於酒席宴上。關羽來到榮陽關，太守王植將他們安排在驛館，經胡班的搭救，才免遭王植毒手，沒被火燒。關羽殺了王植，連夜趕奔洛陽，在洛陽完成了裝備，買了恢復的道具，繼續向滑州前進。在滑州殺了曹將秦琪，渡過黃河來到冀州。這時，夏侯諄趕來，定要為秦琪報仇，多虧張遼及時趕來解勸，才免了一場廝殺。
關羽一行繼續前進，到達北村，應村民之邀，在北山收伏了周倉，回到北村，又經村民指點，在東面的古城意外地見到了義弟張飛，關羽斬了隨後趕來為外甥秦琪報仇的蔡陽，兄弟間消除了誤會。張飛和慕劉備而來的趙雲一起加入了關羽的陣容。關羽一行繼續奔往冀州，途中收下關平，並給他買了裝備。 劉備得知關羽的訊息，藉口要結盟荊州的劉表，辭別了袁紹，中途擺脫了袁紹部下郭圖和田豐的阻擊，在關平家，兄弟重逢。身無立錐之地的劉備軍，經商議決定，為消滅曹操，興復漢室，他們必須聯合劉表。於是劉備軍一路朝荊州走去。
第二幕 初出茅廬
星轉月移，時光流逝，中國的勢力版圖又發生了很大的變化。曹操滅了袁紹，統一了北方，正加緊操練人馬，妄想稱霸天下。能和曹操抗衡的只有東吳的孫權和荊州的劉備了。
這一天，荊州發生了叛亂，劉備軍應病中劉表之邀，剿滅了城東叛軍黃邵，休整後又打敗了鄰村的叛軍何義。緊接著又不慌不忙的逐個消滅了叛軍龔都和劉闢。戰鬥結束後，劉備軍打聽到兩個情報，一個是自伐董卓以來就下落不明的呂布還活著，一個是在村子的北面住著一位賢者臥龍先生。
劉備軍凱旋迴到荊州，劉表非常高興，作為報答，把荊州城北的新野城送給劉備，劉備軍企圖努力建設好新野。一天，劉備又聽說了臥龍的訊息，茫然不知所措，正想走出城外，劉表的長子劉琦來告知父親病情惡化。劉備急忙趕往荊州，劉表以後事相托。可是，劉表的妻弟蔡瑁卻處心積慮地要除掉劉備。幸虧伊籍告密，才免遭毒手。劉備透過荊州的地道來到西邊司馬徽的草廬，司馬徽向劉備推薦了臥龍和鳳雛兩位賢者，並告知了臥龍的住所。幹是，劉備從村子往北來到一棵樹前的茅廬裡，但臥龍諸葛亮外出未歸，只有弟弟諸葛均在家。求賢若渴的劉備悒悒不樂地回到了新野。
突然，伊籍前來告知，曹操派呂曠、呂翔領兵一萬正朝新野進發，並建議在新野西南的博望坡禦敵。劉備軍趕到新野，從寶箱中取出道具和金錢，一舉殲滅了曹軍，回到新野。
剛一入宮，諸葛均前來告知，他哥哥諸葛孔明昨夜回來了。劉備急忙趕往孔明的茅廬，正趕孔明午睡，劉備一直等他醒來，孔明感於劉備的三顧之請，決定出山，輔佐劉備。
第三幕 赤壁大戰
劉備在新野接到探報：曹操領兵直逼荊州而來。劉備急忙向孔明問計。孔明建議在博望坡迎敵曹軍的主力部隊曹仁。於是派關羽和張飛等埋伏在博望坡的背後，自己和趙雲一起為前鋒。劉備把新野城交給陳登繼續建設。劉備軍離開新野和曹軍發生了激烈的衝突，孔明和趙雲正面攻擊曹軍，不久，敵軍背後起火，燒得曹軍四散奔逃，緊接著，關羽，張飛和周倉關平三支援軍一齊趕到，曹軍10萬損失殆盡。曹仁急忙領著殘後敗將敗退下去。
劉備軍凱旋迴到新野。劉備對孔明深表敬意。就在此時，荊州來人說，劉表病危。劉備聽後大驚失色。留下孔明守城。自己急匆匆趕回荊州。這時，蔡瑁報告說曹操來統大軍直奔荊州而來。劉表託孤劉琦給劉備後就斷了氣。劉備不想回新野準備迎敵，但蔡瑁卻有意投降曹操。劉備迫不得已趕回新野。孔明建議劉備佔領荊州，禦敵曹操。但劉備不忍心行不仁不義之事。孔明只好建議放棄新野，投奔江夏。劉備軍來到江夏和劉琦一起抵抗曹操。面對蔡瑁的投降陰謀，體弱多病的劉琦請求劉備代作荊州太守。劉備答應了他的請求。從此，劉備不再參加戰鬥軍隊全由孔明指揮。 孔明決定聯吳抗曹，但東吳使者魯肅下落不明。孔明派人四處查詢，得知魯肅被囚禁在新野城中。孔明於是集合隊伍朝新野而去。新野由蔡瑁之任蔡謹把守，其手下蒯越詭計多端，且人多勢眾。孔明終於打敗了蔡瑾，進入城中，救了魯肅，回到江夏城中，魯肅建議孔明去見吳主孫權，但船隻全被荊州的蔡中控制了。於是，孔明又攻打荊州，得到了一隻小船。劉備軍從江夏渡過南方的渡口，到達柴桑。在孔明的倡議下，和孫權聯盟。
孔明在魯肅的引薦下，拜見了孫權。孫權列出了目前的三個困難。其一是如何除掉曹操的水軍都督蔡瑁，其二是想火燒曹營卻缺少東南風。其三是缺少100萬支箭。請孔明解決。
孔明聽說有人能借東南風，經柴桑城東一個小村的長老的指點，孔明從柴桑城西碼頭出發一直向東到了一座小島——倭國。前往北方的聖山，用火計或落石計消滅了山上的大蛇，來到山上，見到了能操縱風向的國王日巫女。她一直被大蛇阻在山上。為了酬謝孔明的救命之恩，送給孔明操縱風向的秘法書（ひほぅのしょ）。
孔明一行回到柴桑，準備進攻襄陽，除掉蔡倡，獲取 100萬支箭。一天離開皇宮在城內漫步的劉備軍，遇到了一個老人，經他指點，要消除堵在前往襄陽的路上的巖山，必須製造火藥，但所需硝石和老樹枝在柴桑東北的山洞中，路途遙遠。孔明提高水平，耐心找到了洞窟，洞裡沒有寶箱，孔明使用伸縮計，發現了硝石（しょぅせき），馬上離開。然後，在老人上方的一棵老樹下找到了老樹枝（ちぅぱくのぇだ）。老人接過老樹枝和硝石之後，製出火藥（かゃく）。孔明用火藥作開了堵在前路上的岩石，趕到襄陽和蔡瑁展開激戰；在戰鬥中，孔明佈下白馬陣攻擊蔡瑁和張允，另施策略減少文騁計程車兵，孔明終於除掉了作惡多端的蔡瑁，在城中找到了100萬支箭（ひゃくまんのゃ）。
孔明回到柴桑向孫權報告。孫權又提出一個新的問題，那就是要使火攻奏效，先必須找人使連環計，說服曹操將戰船拴在一起。孔明一行又經司馬徽的指點，透過柴桑城東南的湖泊找到了龐統，龐統欣然接受了任務，連環計成功了。和曹軍決戰的時刻到了，孫劉聯軍士氣高昂，孔明使用日巫女的秘法書，借來了東南風。吳軍發起火攻，其勢銳不可擋，殺得曹操等拼命向後方逃亡。 赤壁火起，孔明也調兵遣將，追趕逃亡的曹軍，遣憾的是，關羽在華容道放走了曹操。
第四幕 平定荊州
赤壁一戰，曹軍元氣大傷。孔明接到報告，曹操留下曹仁等人把守荊州，襄陽，夷陵和南郡，自己退回都城去了，劉備軍為了鞏固勢力，決定平定混亂的荊州。劉備將此任全權託負給了孔明
孔明整軍向荊州進發，在城中向人打聽得知曹仁打敗了吳軍都督周瑜，固守城中，為了方便士兵自由進出，製造了兵符。孔明花了500元買通城中的一個靈通人士，得知兵符在守備荊州的陳矯那裡。於是，孔明向北攻下荊州，打倒陳矯後，在宮殿的王座前找到了兵符及攻略。接著，孔明率軍前往襄陽，路過新野，收納了伊籍。孔明藉助兵符進入襄陽城中，打倒了夏侯淳。蒐集情報後，從西南方的襄陽碼頭，前往荊州南部的夷陵。途中，不斷訓練兵力，如果兵力日漸減少，就搭船返回襄陽。孔明用兵符進人夷陵，遭到了曹昂的抵抗，孔明設法削減敵兵計程車兵。將他們一舉全殲。進城後又一次聽到了呂布的訊息。孔明讓士兵投宿恢復體力後，攻打南郡的曹仁和曹洪，孔明使用減策計及其他攻擊戰術對付曹洪的魚鱗陣，曹仁曹洪向樊城逃去，途中遭呂布伏擊，不敵身亡，樊城落人呂布之手。劉備軍攻打樊城，在呂布的激烈攻擊下，敗回南郡。孔明苦思良策，漫步在城中。在東北居民家意外地發現了龐統。龐統送給孔明一個錦囊妙計。劉備軍返回樊城，依計擊敗了呂布。 孔明在伊籍的引薦下，見到了東面洞窟裡的賢者馬良馬謖兄弟。他們建議，要平定荊州全境，必須攻取荊州南部的零陵，桂陽，武陵和長沙四郡。於是，劉備軍打敗了零陵城的劉度（對於敵人的業火計，千萬不要有魚鱗陣）。在零陵城恢復兵力後，繞到山南的一個村子裡，收集了一些情報，接著挺進桂陽，打敗了守將鮑龍和陳應。桂陽太守趙苑假降，誘孔明入宮，專想加害。危急關頭，目布砍倒趙範，救了孔明呂布自願為孔明留守桂陽。孔明向西進軍武陵，久攻不下。這時，聽說敵將鞏志有意投降，於是劉備軍穿過一片森林，來到四面的海邊勸降鞏志。鞏志誘殺了太守金旋，獻出了武陵城。劉備軍向西攻取長沙。城前黃忠點關羽出陣，二人酣戰之際，黃忠聽到鳴金退回城中。劉備軍殺入城中，打敗了太守韓文。魏廷投降，黃忠要求只有得到韓玄喜愛的養由弓陪葬舊主後，才投降。於是，劉備軍在西面的洞窟的雙層地道中找到了養由弓。黃忠加入了劉備軍。 平定了荊州南部，劉備軍來到馬良的茅廬。這時，聽說留守桂陽的呂布反叛了。劉備軍又返回桂陽，使用集中攻擊法，擊潰了呂布。呂布糾集一批殘兵敗將，逃向零陵。在零陵北面的一處要塞阻擊劉備軍，劉備軍一舉攻下要塞。呂布逃到零陵，負隅頑抗，劉備軍終於消滅了反覆無常的呂布！
平定了荊州南部，劉備軍凱旋迴到新野。新野已在陳登的指揮下建設成為一座大城。劉備從江夏趕到新野，嘉獎三軍。馬良馬謖兄弟也加入了劉備軍。從此，劉備終丁第一次有了屬於自己的地盤。
第五幕 西征巴蜀
為了重建因戰亂荒廢的荊州。孔明要暫時脫離隊伍，必須找一位能代替自己的軍師。一天，孔明正與劉備在宮中談話。水鏡先生派人前來，說有要事相告。孔明忽然想起鳳雛先生龐統，或許水鏡先生與此事有關，果然，司馬徽一見孔明，就告訴他龐統來到了新野南面的襄陽城。孔明帶上酒，到了襄陽，打敗了強盜廖化，救出了鳳雛先生龐統。
孔明回到新野，把龐統引薦給劉備。正在此時，西蜀的張松被曹操轟到了這裡。張松極力勸說劉備人蜀，攻打劉璋，並給好友孟達寫了一封信，讓劉備軍持信到襄陽西北的洞窟裡找孟達，取得了西蜀地圖。張松又說服劉璋派自己的好友法工邀請劉備軍人蜀。機不可失。於是，孔明提議，讓關羽，趙雲留守荊州，由龐統任軍師，張飛為大將出兵西蜀。
劉備軍從襄陽的碼頭乘船，會合法工，一起趕到涪水城。劉璋請求劉備軍去攻打霞萌關的漢中軍馬超。馬超是馬騰之子，馬騰是和劉備一起參與謀殺曹操並在血詔書上簽字的七人之一，後來慘遭曹操殺害。劉備軍辭別了劉障，打聽到馬超正想投奔有實力滅掉曹操為父報仇的名主。劉備軍往東北過橋找到了被劉璋放逐的李恢，他與馬騰有舊。李恢提出只有拿著血詔書才能說服馬超投降。於是，劉備軍到景帝的墓中找到了血詔。（在景帝墓，有三層地道，在第二層地道，要向東走到第三個路口，向北走到第三個路口，向西走到第三個路口，然後向北經過四個語口才能找到血詔書。然後在第三層地道里，有些路口放著一些太極儀凡是水平經過就逆時針轉向，垂直經過就順時針轉向。出口在右 上角。）李恢持血詔遊說馬超。但馬超還想試一試劉備的實力，兩軍在霞萌關前一場激戰，馬超和堂弟馬岱總算嚐到了劉備軍的厲害，乖乖地投了降。
劉備軍為平定漢中，繼續北上來到陽平關。運用策略減少敵兵，打敗了楊昂等人。然後，透過棧道進入南鄭。棧道險峻，因此在棧道中極力避免戰鬥，尤其不要使用策略。走出棧道，最好使用野營道具，劉備軍在南鄭關，打敗了龐德。在旅店恢復兵力之後，劉備軍來到漢中，託王平賄賂楊松，開啟城門，和張魯展開一場決戰。敵人的智力和武力都很高，策略也很強。如果要布魚鱗陣，就注意敵人的策略，並儘快地恢復兵力應戰。劉備軍擊敗了張魯。涪水城劉璋派人來請，劉備軍回到涪水城，才知中了楊懷的奸計。劉備軍擊敗了楊懷，決定向成都進軍。劉備軍先到北面的茅廬裡從龐義手中拿到涪水水門的青銅鑰匙。繼續向北來到涪水堤防，打敗在此防守的冷苞等三人。（注意在戰鬥中，由於敵將張肅會使擊免計，降低策略的成功率，因此，很難使用策略減少敵兵數）。然後用青銅鑰匙開啟堤防中房內右邊的水門控制問，湖泊消失，劉備軍又重返潔水恢復兵力，進軍落鳳坡，道張任等四將的伏擊，龐統不幸中箭犧牲，張飛等人好不容易敗回涪水，抵抗張任的追擊。在此緊急關頭，孔明從荊州救援來了。一把大火，燒得張任四下逃亡。孔明、關羽、趙雲和劉備等人合兵一處。於是，由五虎大將關羽、張飛、趙雲、黃忠、馬超，外加軍師孔明組成的強大的劉備軍，從涪水東南的碼頭乘船，向南抵達巴城，攻打嚴顏。孔明使用擊免計減少敵軍兵力的策略，再集中攻擊，嚴顏投降。劉備軍接著向西攻打巴關的劉巴等三人，戰鬥中，劉備軍見勢不妙，馬上撤退，捉住一個縱火的土兵，才免了一場火劫，終於打敗了劉巴。（請注意，這裡有一個提高水平的超級秘技，其法是，戰鬥勝利後，士兵還會出來，這時，一直按住連發鍵A，會出現好幾次戰鬥，在戰鬥中能反覆打倒馬上又會復活計程車兵，以提高水平。這裡出來計程車兵都相當弱，打倒後，能領到約3000的經驗值。）接著劉備軍挺進建寧，但久攻不下，劉備軍從西南的陳家莊獲取情報，攻佔了敵軍的屯糧山，向北到達一座要塞，擊敗守將雷同，並在要塞中找到了銀仙石。緊接著，劉備軍又用魚鱗陣敗了建寧守敵呂凱等人，雷同投降，劉備軍繼續前進來到越雋城。先到建寧城北的蔣家村拜訪了越雋太守的朋友蔣琬，然後，劉備軍透過蔣家村西南的洞窟，在西面山中的某間小屋裡用策略和集中攻擊法擊倒敵將高沛，救出了蔣琬的母親。蔣琬感於劉備軍的救母大恩，站在陣前（別忘了裝備武器和防具），憑關係賺開了城門，敵將吳懿倒戈。劉備軍佔領了越雋城。劉備軍馬不停蹄，準備攻打成都的衛城綿竹關。孔明依一長老之計，從越雋北面洞窟中的柴虛上人手中拿到了火藥壺，到北面的洞窟縱火。燒得綿竹關守敵張任逃往雛城。劉備軍追到雛城，張任又逃往金雁橋，在金雁橋一戰孔明把有實力的武將列於陣前，擊敗了張任。劉備軍直逼成都，使用魚鱗陣，打敗了劉璋，劉備軍終於佔領了成都，從而擁了巴蜀全境。
第六幕 北伐中原
佔領巴蜀後，孔明接著深報，曹操來攻漢中。劉備軍決定主落鳳坡過培水，向漢中進發。在陽平關打敗了夏候尚，在南鄭關打敗了張凱。恢復體力後，有逼漢中城下，智敗夏候淵。這時孔明得到訊息，曹操莫漢，自己作了皇帝。於是孔明建議劉備秉承漢統即皇帝位。然後 命關羽，張飛守成都和新野。由他們的兒子關興，張苞加入劉備軍，舉兵北伐。
劉備軍由成都向東，打敗了夏侯懋，突破魏蜀交界的鳳鳴塞。揮師向南，智取了由曹操之侄曹休把守的南安城。在城內打聽到了姜維和華佗的訊息。於是兵臨安定以減少敵人士兵數量的策略，打敗了曹純，見到了病在城中的姜維的母親。為見姜維，孔明攻打天水，但被火攻圍困，危急關頭，為吉平所救。聽吉平介紹姜維的情況後，孔明派人從南安請來華倫治好了薑母的病，兩軍陣前，收服了姜維。孔明讓姜縱代替自己作軍師，自己暫時退居二線著手開發長年思考的新武器。
劉備軍攻下天水城。得知前往街亭必須坐船，但坐船必須有渡航書。於是，劉備軍先到陳倉，打敗郝昭和華歆後（要注意他們的寂靜陣）。取得了渡航書，又打敗了看守碼頭的辛毗，從街亭的碼頭坐船，穿過曲折的山谷。到達了街亭的要塞，擊潰了曹真。在塞中收集情報，得知孔明發明的武器已獲成功。於是，劉備軍奮力突圍撤回天水。孔明迴歸隊伍，再度攻取街亭，擊敗了曹真等人。在這次戰鬥中，孔明發明的連弩發揮了巨大威力，然後，孔明一面警防司馬懿撤退，一面向東面的斜谷進發，經過高老莊，得知曹軍正在收集硫磺和火藥。劉備軍智勝曹彰後，直奔曹軍軍需重地魯城。（在攻魯城時，最好預先作記錄，以防萬一）和曹軍的主力展開決戰，戰鬥時，對曹軍智力低的武將施計以減少其兵力，曹操見勢不妙，棄城逃往葫蘆谷。劉備軍從斜谷的洞窟裡取了六甲天書，然後向祁山關走去，打敗了苟或和龐德。劉備來到葫蘆谷。孔明先卸下軍師之職，手持六甲天書，待曹操發起火攻時，孔明用六甲天書，向天求雨，撲滅了大火，黔驢技窮的曹操孤注一擲，衝向劉備軍，結果不敵身亡。劉備軍回到魯城。接到探報，曹操之子曹丕已率大軍出渭水關，誓報父仇。與此同時，北方夷族趁隙進攻漢中，劉備派關興去守漢中，讓關羽的第三個兒子關索頂替關興的位置。（注意他和關興的武器不同）。劉備軍從葫蘆谷南下，直奔渭水關，途中殺了賈詡。在渭水關恢復兵力後（不要忘了在此作記錄）（在此地也打聽了有關茶的情報）。和曹軍的精銳之師在五文原對峙，突然曹軍譁變，司馬懿殺了曹丕。用落雷計攻擊孔明，孔明幸遇黃石公。孔明為了得到黃石公的教誨，從天水取來茶，從高老莊取來名水，
到魯城取回茶器，向黃石公獻上了一壺茶。黃石公教授孔明破落雷計之法（上上下下左右上下）。於是，孔明在三丈原詐死誘敵，破了司馬懿的落雪之計。燒得司馬懿落荒而逃。劉備軍在五丈原休兵整頓，得到了九轉丹藥。孔明率軍前往長安，但走人了司懿設下的石兵八陣，左繞右繞，不能出去，幸遇赤松子（獻上九轉丹）指點，才走出了石陣，打敗了張遼，越過鐵門峽要塞，直驅長安碼頭，再次打敗了善使暗計和寂靜陣的張遼和陳群。緊接著，劉備軍坐船到達洛陽，先到胡班父親的茅廬裡休整，然後南下進攻東嶺關，打敗了董衡，挺進洛陽，和司馬懿展開了最後的決戰。逐鹿中原，鹿死誰手，全天下人正拭目以待！
東漢末年，鎮壓黃巾起義之後，群雄割據，軍閥混戰。淮南袁術妄自稱帝。漢獻帝派皇叔劉備前去討伐。丞相曹操讓親信朱靈和路昭作為監軍隨同出征。劉備帶領關羽和張飛與朱靈路昭一起殺奔袁術的老巢——徐州東北的洞窟。在迂迴的山路中，與袁術部下紀靈遭遇，劉備軍發動總攻擊，將他們一舉全殲。劉備軍繼續前進，在洞窟附近又擊敗了袁胤。劉備軍深入洞窟，追擊企圖逃走的袁術，劉備軍且戰且養，恢復兵力，經過一次次的攻擊，終了消滅了袁術。
劉備軍凱旋來到徐州，朱靈路昭辭別劉備回都城向曹操報捷去了。城中陳登提醒劉備，劉備等人密謀曹操的計刎洩露了，曾在血書上簽字的其他幾人都慘遭殺戮、徐州人守車胄已奉曹操之命，伺機殺害劉備。突然，車胄來襲，劉備軍奮力自衛還擊。殺了車胄。這時，陳登又建議劉備讓城北鄭玄——袁紹的老師作中介投奔袁紹。 劉備軍剛一出城，就遭到了曹操的圍攻。驚慌之中，劉備軍向河北方向殺開一條血路。突然他發現關羽和張飛失散了，只有陳登緊隨其後。他們二人只好去找鄭玄，途中聽人勸告在鄭玄茅廬南面的洞窟裡取得了地圖（ちず）。二人請鄭玄寫了一封引薦信（ェンショゥヘのこがみ）就來到了河北。
袁紹一見劉備，就怒不可遏，定要為弟弟袁術報仇，但看了鄭玄的信，馬上轉怒為喜，決定和劉備聯起於來，對付他們共同的敵人——曹操。袁紹當即請劉備和河北名將顏良一起出兵白馬坡，與曹操決一死戰。 他們從渡口乘船出發，要經過洛陽城上方的三個要塞。他們很快突破了由魏續把守的第一個要塞，但第二個要塞由曹操的親信名將樂進等人把守。他們先回冀州恢復兵力，然後揮師殺回，顏良勢如破竹，很快突破了第二個要塞，一鼓作氣直逼曹軍的大本營。突然曾軍中出現一位手持青龍僵月刀的將軍擋在劉備軍的前面，不到一個回合，斬顏良於馬下。劉備軍見勢不妙，撤回冀州。袁紹又急令文丑出征，但也被刀斬了。袁紹連折二將，損失巨大，經打聽，才知誅顏良斬文丑的將軍原來劉備的義弟關羽，於是逼劉備派出密使，招降關羽。 密使來到宛城，見到了迫不得已假降曹操的關羽。關羽辭別了曹營，保著劉備夫人（可從劉備夫人手中得到赤兔馬せきとぱ裝備後移動力快一倍），向冀州奔來。
天色已晚，關羽一行向路旁一戶人家借宿。次日早晨辭別時，主人給他們一封信（コハソヘのこがみ），請他們轉交給正在榮陽太守王植手下當差的兒子胡班。
前往冀州的路上，共有五道關卡，必須由關羽一人突破，關羽只好自任軍師。現在不能恢復兵力，因此要儘量減少傷亡，並且，只有一點策略值，所以要謹慎行事。 關羽一行過東嶺關斬了孔秀，到洛陽殺了韓福，接著來到汜水關，太守卞喜假意宴請，卻暗藏伏兵，關羽識別他的詭計，劈卞喜於酒席宴上。關羽來到榮陽關，太守王植將他們安排在驛館，經胡班的搭救，才免遭王植毒手，沒被火燒。關羽殺了王植，連夜趕奔洛陽，在洛陽完成了裝備，買了恢復的道具，繼續向滑州前進。在滑州殺了曹將秦琪，渡過黃河來到冀州。這時，夏侯諄趕來，定要為秦琪報仇，多虧張遼及時趕來解勸，才免了一場廝殺。
關羽一行繼續前進，到達北村，應村民之邀，在北山收伏了周倉，回到北村，又經村民指點，在東面的古城意外地見到了義弟張飛，關羽斬了隨後趕來為外甥秦琪報仇的蔡陽，兄弟間消除了誤會。張飛和慕劉備而來的趙雲一起加入了關羽的陣容。關羽一行繼續奔往冀州，途中收下關平，並給他買了裝備。 劉備得知關羽的訊息，藉口要結盟荊州的劉表，辭別了袁紹，中途擺脫了袁紹部下郭圖和田豐的阻擊，在關平家，兄弟重逢。身無立錐之地的劉備軍，經商議決定，為消滅曹操，興復漢室，他們必須聯合劉表。於是劉備軍一路朝荊州走去。
第二幕 初出茅廬
星轉月移，時光流逝，中國的勢力版圖又發生了很大的變化。曹操滅了袁紹，統一了北方，正加緊操練人馬，妄想稱霸天下。能和曹操抗衡的只有東吳的孫權和荊州的劉備了。
這一天，荊州發生了叛亂，劉備軍應病中劉表之邀，剿滅了城東叛軍黃邵，休整後又打敗了鄰村的叛軍何義。緊接著又不慌不忙的逐個消滅了叛軍龔都和劉闢。戰鬥結束後，劉備軍打聽到兩個情報，一個是自伐董卓以來就下落不明的呂布還活著，一個是在村子的北面住著一位賢者臥龍先生。
劉備軍凱旋迴到荊州，劉表非常高興，作為報答，把荊州城北的新野城送給劉備，劉備軍企圖努力建設好新野。一天，劉備又聽說了臥龍的訊息，茫然不知所措，正想走出城外，劉表的長子劉琦來告知父親病情惡化。劉備急忙趕往荊州，劉表以後事相托。可是，劉表的妻弟蔡瑁卻處心積慮地要除掉劉備。幸虧伊籍告密，才免遭毒手。劉備透過荊州的地道來到西邊司馬徽的草廬，司馬徽向劉備推薦了臥龍和鳳雛兩位賢者，並告知了臥龍的住所。幹是，劉備從村子往北來到一棵樹前的茅廬裡，但臥龍諸葛亮外出未歸，只有弟弟諸葛均在家。求賢若渴的劉備悒悒不樂地回到了新野。
突然，伊籍前來告知，曹操派呂曠、呂翔領兵一萬正朝新野進發，並建議在新野西南的博望坡禦敵。劉備軍趕到新野，從寶箱中取出道具和金錢，一舉殲滅了曹軍，回到新野。
剛一入宮，諸葛均前來告知，他哥哥諸葛孔明昨夜回來了。劉備急忙趕往孔明的茅廬，正趕孔明午睡，劉備一直等他醒來，孔明感於劉備的三顧之請，決定出山，輔佐劉備。
第三幕 赤壁大戰
劉備在新野接到探報：曹操領兵直逼荊州而來。劉備急忙向孔明問計。孔明建議在博望坡迎敵曹軍的主力部隊曹仁。於是派關羽和張飛等埋伏在博望坡的背後，自己和趙雲一起為前鋒。劉備把新野城交給陳登繼續建設。劉備軍離開新野和曹軍發生了激烈的衝突，孔明和趙雲正面攻擊曹軍，不久，敵軍背後起火，燒得曹軍四散奔逃，緊接著，關羽，張飛和周倉關平三支援軍一齊趕到，曹軍10萬損失殆盡。曹仁急忙領著殘後敗將敗退下去。
劉備軍凱旋迴到新野。劉備對孔明深表敬意。就在此時，荊州來人說，劉表病危。劉備聽後大驚失色。留下孔明守城。自己急匆匆趕回荊州。這時，蔡瑁報告說曹操來統大軍直奔荊州而來。劉表託孤劉琦給劉備後就斷了氣。劉備不想回新野準備迎敵，但蔡瑁卻有意投降曹操。劉備迫不得已趕回新野。孔明建議劉備佔領荊州，禦敵曹操。但劉備不忍心行不仁不義之事。孔明只好建議放棄新野，投奔江夏。劉備軍來到江夏和劉琦一起抵抗曹操。面對蔡瑁的投降陰謀，體弱多病的劉琦請求劉備代作荊州太守。劉備答應了他的請求。從此，劉備不再參加戰鬥軍隊全由孔明指揮。 孔明決定聯吳抗曹，但東吳使者魯肅下落不明。孔明派人四處查詢，得知魯肅被囚禁在新野城中。孔明於是集合隊伍朝新野而去。新野由蔡瑁之任蔡謹把守，其手下蒯越詭計多端，且人多勢眾。孔明終於打敗了蔡瑾，進入城中，救了魯肅，回到江夏城中，魯肅建議孔明去見吳主孫權，但船隻全被荊州的蔡中控制了。於是，孔明又攻打荊州，得到了一隻小船。劉備軍從江夏渡過南方的渡口，到達柴桑。在孔明的倡議下，和孫權聯盟。
孔明在魯肅的引薦下，拜見了孫權。孫權列出了目前的三個困難。其一是如何除掉曹操的水軍都督蔡瑁，其二是想火燒曹營卻缺少東南風。其三是缺少100萬支箭。請孔明解決。
孔明聽說有人能借東南風，經柴桑城東一個小村的長老的指點，孔明從柴桑城西碼頭出發一直向東到了一座小島——倭國。前往北方的聖山，用火計或落石計消滅了山上的大蛇，來到山上，見到了能操縱風向的國王日巫女。她一直被大蛇阻在山上。為了酬謝孔明的救命之恩，送給孔明操縱風向的秘法書（ひほぅのしょ）。
孔明一行回到柴桑，準備進攻襄陽，除掉蔡倡，獲取 100萬支箭。一天離開皇宮在城內漫步的劉備軍，遇到了一個老人，經他指點，要消除堵在前往襄陽的路上的巖山，必須製造火藥，但所需硝石和老樹枝在柴桑東北的山洞中，路途遙遠。孔明提高水平，耐心找到了洞窟，洞裡沒有寶箱，孔明使用伸縮計，發現了硝石（しょぅせき），馬上離開。然後，在老人上方的一棵老樹下找到了老樹枝（ちぅぱくのぇだ）。老人接過老樹枝和硝石之後，製出火藥（かゃく）。孔明用火藥作開了堵在前路上的岩石，趕到襄陽和蔡瑁展開激戰；在戰鬥中，孔明佈下白馬陣攻擊蔡瑁和張允，另施策略減少文騁計程車兵，孔明終於除掉了作惡多端的蔡瑁，在城中找到了100萬支箭（ひゃくまんのゃ）。
孔明回到柴桑向孫權報告。孫權又提出一個新的問題，那就是要使火攻奏效，先必須找人使連環計，說服曹操將戰船拴在一起。孔明一行又經司馬徽的指點，透過柴桑城東南的湖泊找到了龐統，龐統欣然接受了任務，連環計成功了。和曹軍決戰的時刻到了，孫劉聯軍士氣高昂，孔明使用日巫女的秘法書，借來了東南風。吳軍發起火攻，其勢銳不可擋，殺得曹操等拼命向後方逃亡。 赤壁火起，孔明也調兵遣將，追趕逃亡的曹軍，遣憾的是，關羽在華容道放走了曹操。
第四幕 平定荊州
赤壁一戰，曹軍元氣大傷。孔明接到報告，曹操留下曹仁等人把守荊州，襄陽，夷陵和南郡，自己退回都城去了，劉備軍為了鞏固勢力，決定平定混亂的荊州。劉備將此任全權託負給了孔明
孔明整軍向荊州進發，在城中向人打聽得知曹仁打敗了吳軍都督周瑜，固守城中，為了方便士兵自由進出，製造了兵符。孔明花了500元買通城中的一個靈通人士，得知兵符在守備荊州的陳矯那裡。於是，孔明向北攻下荊州，打倒陳矯後，在宮殿的王座前找到了兵符及攻略。接著，孔明率軍前往襄陽，路過新野，收納了伊籍。孔明藉助兵符進入襄陽城中，打倒了夏侯淳。蒐集情報後，從西南方的襄陽碼頭，前往荊州南部的夷陵。途中，不斷訓練兵力，如果兵力日漸減少，就搭船返回襄陽。孔明用兵符進人夷陵，遭到了曹昂的抵抗，孔明設法削減敵兵計程車兵。將他們一舉全殲。進城後又一次聽到了呂布的訊息。孔明讓士兵投宿恢復體力後，攻打南郡的曹仁和曹洪，孔明使用減策計及其他攻擊戰術對付曹洪的魚鱗陣，曹仁曹洪向樊城逃去，途中遭呂布伏擊，不敵身亡，樊城落人呂布之手。劉備軍攻打樊城，在呂布的激烈攻擊下，敗回南郡。孔明苦思良策，漫步在城中。在東北居民家意外地發現了龐統。龐統送給孔明一個錦囊妙計。劉備軍返回樊城，依計擊敗了呂布。 孔明在伊籍的引薦下，見到了東面洞窟裡的賢者馬良馬謖兄弟。他們建議，要平定荊州全境，必須攻取荊州南部的零陵，桂陽，武陵和長沙四郡。於是，劉備軍打敗了零陵城的劉度（對於敵人的業火計，千萬不要有魚鱗陣）。在零陵城恢復兵力後，繞到山南的一個村子裡，收集了一些情報，接著挺進桂陽，打敗了守將鮑龍和陳應。桂陽太守趙苑假降，誘孔明入宮，專想加害。危急關頭，目布砍倒趙範，救了孔明呂布自願為孔明留守桂陽。孔明向西進軍武陵，久攻不下。這時，聽說敵將鞏志有意投降，於是劉備軍穿過一片森林，來到四面的海邊勸降鞏志。鞏志誘殺了太守金旋，獻出了武陵城。劉備軍向西攻取長沙。城前黃忠點關羽出陣，二人酣戰之際，黃忠聽到鳴金退回城中。劉備軍殺入城中，打敗了太守韓文。魏廷投降，黃忠要求只有得到韓玄喜愛的養由弓陪葬舊主後，才投降。於是，劉備軍在西面的洞窟的雙層地道中找到了養由弓。黃忠加入了劉備軍。 平定了荊州南部，劉備軍來到馬良的茅廬。這時，聽說留守桂陽的呂布反叛了。劉備軍又返回桂陽，使用集中攻擊法，擊潰了呂布。呂布糾集一批殘兵敗將，逃向零陵。在零陵北面的一處要塞阻擊劉備軍，劉備軍一舉攻下要塞。呂布逃到零陵，負隅頑抗，劉備軍終於消滅了反覆無常的呂布！
平定了荊州南部，劉備軍凱旋迴到新野。新野已在陳登的指揮下建設成為一座大城。劉備從江夏趕到新野，嘉獎三軍。馬良馬謖兄弟也加入了劉備軍。從此，劉備終丁第一次有了屬於自己的地盤。
第五幕 西征巴蜀
為了重建因戰亂荒廢的荊州。孔明要暫時脫離隊伍，必須找一位能代替自己的軍師。一天，孔明正與劉備在宮中談話。水鏡先生派人前來，說有要事相告。孔明忽然想起鳳雛先生龐統，或許水鏡先生與此事有關，果然，司馬徽一見孔明，就告訴他龐統來到了新野南面的襄陽城。孔明帶上酒，到了襄陽，打敗了強盜廖化，救出了鳳雛先生龐統。
孔明回到新野，把龐統引薦給劉備。正在此時，西蜀的張松被曹操轟到了這裡。張松極力勸說劉備人蜀，攻打劉璋，並給好友孟達寫了一封信，讓劉備軍持信到襄陽西北的洞窟裡找孟達，取得了西蜀地圖。張松又說服劉璋派自己的好友法工邀請劉備軍人蜀。機不可失。於是，孔明提議，讓關羽，趙雲留守荊州，由龐統任軍師，張飛為大將出兵西蜀。
劉備軍從襄陽的碼頭乘船，會合法工，一起趕到涪水城。劉璋請求劉備軍去攻打霞萌關的漢中軍馬超。馬超是馬騰之子，馬騰是和劉備一起參與謀殺曹操並在血詔書上簽字的七人之一，後來慘遭曹操殺害。劉備軍辭別了劉障，打聽到馬超正想投奔有實力滅掉曹操為父報仇的名主。劉備軍往東北過橋找到了被劉璋放逐的李恢，他與馬騰有舊。李恢提出只有拿著血詔書才能說服馬超投降。於是，劉備軍到景帝的墓中找到了血詔。（在景帝墓，有三層地道，在第二層地道，要向東走到第三個路口，向北走到第三個路口，向西走到第三個路口，然後向北經過四個語口才能找到血詔書。然後在第三層地道里，有些路口放著一些太極儀凡是水平經過就逆時針轉向，垂直經過就順時針轉向。出口在右 上角。）李恢持血詔遊說馬超。但馬超還想試一試劉備的實力，兩軍在霞萌關前一場激戰，馬超和堂弟馬岱總算嚐到了劉備軍的厲害，乖乖地投了降。
劉備軍為平定漢中，繼續北上來到陽平關。運用策略減少敵兵，打敗了楊昂等人。然後，透過棧道進入南鄭。棧道險峻，因此在棧道中極力避免戰鬥，尤其不要使用策略。走出棧道，最好使用野營道具，劉備軍在南鄭關，打敗了龐德。在旅店恢復兵力之後，劉備軍來到漢中，託王平賄賂楊松，開啟城門，和張魯展開一場決戰。敵人的智力和武力都很高，策略也很強。如果要布魚鱗陣，就注意敵人的策略，並儘快地恢復兵力應戰。劉備軍擊敗了張魯。涪水城劉璋派人來請，劉備軍回到涪水城，才知中了楊懷的奸計。劉備軍擊敗了楊懷，決定向成都進軍。劉備軍先到北面的茅廬裡從龐義手中拿到涪水水門的青銅鑰匙。繼續向北來到涪水堤防，打敗在此防守的冷苞等三人。（注意在戰鬥中，由於敵將張肅會使擊免計，降低策略的成功率，因此，很難使用策略減少敵兵數）。然後用青銅鑰匙開啟堤防中房內右邊的水門控制問，湖泊消失，劉備軍又重返潔水恢復兵力，進軍落鳳坡，道張任等四將的伏擊，龐統不幸中箭犧牲，張飛等人好不容易敗回涪水，抵抗張任的追擊。在此緊急關頭，孔明從荊州救援來了。一把大火，燒得張任四下逃亡。孔明、關羽、趙雲和劉備等人合兵一處。於是，由五虎大將關羽、張飛、趙雲、黃忠、馬超，外加軍師孔明組成的強大的劉備軍，從涪水東南的碼頭乘船，向南抵達巴城，攻打嚴顏。孔明使用擊免計減少敵軍兵力的策略，再集中攻擊，嚴顏投降。劉備軍接著向西攻打巴關的劉巴等三人，戰鬥中，劉備軍見勢不妙，馬上撤退，捉住一個縱火的土兵，才免了一場火劫，終於打敗了劉巴。（請注意，這裡有一個提高水平的超級秘技，其法是，戰鬥勝利後，士兵還會出來，這時，一直按住連發鍵A，會出現好幾次戰鬥，在戰鬥中能反覆打倒馬上又會復活計程車兵，以提高水平。這裡出來計程車兵都相當弱，打倒後，能領到約3000的經驗值。）接著劉備軍挺進建寧，但久攻不下，劉備軍從西南的陳家莊獲取情報，攻佔了敵軍的屯糧山，向北到達一座要塞，擊敗守將雷同，並在要塞中找到了銀仙石。緊接著，劉備軍又用魚鱗陣敗了建寧守敵呂凱等人，雷同投降，劉備軍繼續前進來到越雋城。先到建寧城北的蔣家村拜訪了越雋太守的朋友蔣琬，然後，劉備軍透過蔣家村西南的洞窟，在西面山中的某間小屋裡用策略和集中攻擊法擊倒敵將高沛，救出了蔣琬的母親。蔣琬感於劉備軍的救母大恩，站在陣前（別忘了裝備武器和防具），憑關係賺開了城門，敵將吳懿倒戈。劉備軍佔領了越雋城。劉備軍馬不停蹄，準備攻打成都的衛城綿竹關。孔明依一長老之計，從越雋北面洞窟中的柴虛上人手中拿到了火藥壺，到北面的洞窟縱火。燒得綿竹關守敵張任逃往雛城。劉備軍追到雛城，張任又逃往金雁橋，在金雁橋一戰孔明把有實力的武將列於陣前，擊敗了張任。劉備軍直逼成都，使用魚鱗陣，打敗了劉璋，劉備軍終於佔領了成都，從而擁了巴蜀全境。
第六幕 北伐中原
佔領巴蜀後，孔明接著深報，曹操來攻漢中。劉備軍決定主落鳳坡過培水，向漢中進發。在陽平關打敗了夏候尚，在南鄭關打敗了張凱。恢復體力後，有逼漢中城下，智敗夏候淵。這時孔明得到訊息，曹操莫漢，自己作了皇帝。於是孔明建議劉備秉承漢統即皇帝位。然後 命關羽，張飛守成都和新野。由他們的兒子關興，張苞加入劉備軍，舉兵北伐。
劉備軍由成都向東，打敗了夏侯懋，突破魏蜀交界的鳳鳴塞。揮師向南，智取了由曹操之侄曹休把守的南安城。在城內打聽到了姜維和華佗的訊息。於是兵臨安定以減少敵人士兵數量的策略，打敗了曹純，見到了病在城中的姜維的母親。為見姜維，孔明攻打天水，但被火攻圍困，危急關頭，為吉平所救。聽吉平介紹姜維的情況後，孔明派人從南安請來華倫治好了薑母的病，兩軍陣前，收服了姜維。孔明讓姜縱代替自己作軍師，自己暫時退居二線著手開發長年思考的新武器。
劉備軍攻下天水城。得知前往街亭必須坐船，但坐船必須有渡航書。於是，劉備軍先到陳倉，打敗郝昭和華歆後（要注意他們的寂靜陣）。取得了渡航書，又打敗了看守碼頭的辛毗，從街亭的碼頭坐船，穿過曲折的山谷。到達了街亭的要塞，擊潰了曹真。在塞中收集情報，得知孔明發明的武器已獲成功。於是，劉備軍奮力突圍撤回天水。孔明迴歸隊伍，再度攻取街亭，擊敗了曹真等人。在這次戰鬥中，孔明發明的連弩發揮了巨大威力，然後，孔明一面警防司馬懿撤退，一面向東面的斜谷進發，經過高老莊，得知曹軍正在收集硫磺和火藥。劉備軍智勝曹彰後，直奔曹軍軍需重地魯城。（在攻魯城時，最好預先作記錄，以防萬一）和曹軍的主力展開決戰，戰鬥時，對曹軍智力低的武將施計以減少其兵力，曹操見勢不妙，棄城逃往葫蘆谷。劉備軍從斜谷的洞窟裡取了六甲天書，然後向祁山關走去，打敗了苟或和龐德。劉備來到葫蘆谷。孔明先卸下軍師之職，手持六甲天書，待曹操發起火攻時，孔明用六甲天書，向天求雨，撲滅了大火，黔驢技窮的曹操孤注一擲，衝向劉備軍，結果不敵身亡。劉備軍回到魯城。接到探報，曹操之子曹丕已率大軍出渭水關，誓報父仇。與此同時，北方夷族趁隙進攻漢中，劉備派關興去守漢中，讓關羽的第三個兒子關索頂替關興的位置。（注意他和關興的武器不同）。劉備軍從葫蘆谷南下，直奔渭水關，途中殺了賈詡。在渭水關恢復兵力後（不要忘了在此作記錄）（在此地也打聽了有關茶的情報）。和曹軍的精銳之師在五文原對峙，突然曹軍譁變，司馬懿殺了曹丕。用落雷計攻擊孔明，孔明幸遇黃石公。孔明為了得到黃石公的教誨，從天水取來茶，從高老莊取來名水，
到魯城取回茶器，向黃石公獻上了一壺茶。黃石公教授孔明破落雷計之法（上上下下左右上下）。於是，孔明在三丈原詐死誘敵，破了司馬懿的落雪之計。燒得司馬懿落荒而逃。劉備軍在五丈原休兵整頓，得到了九轉丹藥。孔明率軍前往長安，但走人了司懿設下的石兵八陣，左繞右繞，不能出去，幸遇赤松子（獻上九轉丹）指點，才走出了石陣，打敗了張遼，越過鐵門峽要塞，直驅長安碼頭，再次打敗了善使暗計和寂靜陣的張遼和陳群。緊接著，劉備軍坐船到達洛陽，先到胡班父親的茅廬裡休整，然後南下進攻東嶺關，打敗了董衡，挺進洛陽，和司馬懿展開了最後的決戰。逐鹿中原，鹿死誰手，全天下人正拭目以待！