001 雲霄飛車殺人事件054 電玩公司殺人事件128 黑衣組織十億元搶劫事件129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件176 與黑暗組織的再會（灰原篇）177 與黑暗組織的再會（柯南篇）178 與黑暗組織的再會（解決篇）230 神秘的乘客（前篇）231 神秘的乘客（後篇）271 隱藏匆忙中的省略（前篇）272 隱藏匆忙中的省略（後篇）286 工藤新一NY事件（事件篇）288 工藤新一NY事件（解決篇）289 光彥森林迷失記（前篇）*290 光彥森林迷失記（後篇）*307 遺留的無聲證言（前篇）308 遺留的無聲證言（後篇）309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）310 與黑暗組織的接觸（追跡篇）311 與黑暗組織的接觸（決死篇）338 四臺保時捷（前篇）339 四臺保時捷（後篇）340 廁所裡隱藏的秘密（前篇）341 廁所裡隱藏的秘密（後篇）345 與黑暗組織的直面對決 滿月之夜的二元推理425 黑色衝擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者463 黑暗組織的影子 奇妙的照明464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬465 黑暗組織的影子 珍珠的流星491 紅與黑的碰撞 開端492 紅與黑的碰撞 血緣493 紅與黑的碰撞 疾呼494 紅與黑的碰撞 冥土495 紅與黑的碰撞 昏睡496 紅與黑的碰撞 侵入497 紅與黑的碰撞 覺醒498 紅與黑的碰撞 攪亂499 紅與黑的碰撞 偽裝500 紅與黑的碰撞 遺言501 紅與黑的碰撞 嫌疑502 紅與黑的碰撞 潔白503 紅與黑的碰撞 決死504 紅與黑的碰撞 殉職563 偵探團VS劫匪團 騷動564 偵探團VS劫匪團 沉默578 召喚危機的紅色前兆579 黑色與13的暗示580 逼近的黑之時限581 搖曳的紅色目標667 婚禮前夜（前篇）*668 婚禮前夜（後篇）*671 偵探們的夜想曲（案件）*672 偵探們的夜想曲（綁架）*673 偵探們的夜想曲（推理）*674 偵探們的夜想曲（波本）681 命懸一線的戀愛轉播（轉播開始）*683 命懸一線的戀愛轉播（現場突入）*