是有區別的，基本農田保護區是對基本農田實施特殊保護的區域。農田保護區多指對一般耕地進行保護的區域。

　　基本農田保護區是指為了對基本農田實行特殊保護，依據土地利用總體規劃和依照法定程式，以鄉（鎮）為單位進行劃區界定，由縣人民政府土地行政主管部門會同同級農業行政主管部門組織實施確定的特定保護區域。

　　中國人口多耕地少，耕地後備資源不足，維護國家糧食安全，保持社會穩定，始終是中國的一個重大問題。為此，國家專門制定《基本農田保護條例》 ，劃定基本農田保護區，根本目的，就是為了對基本農田實行特殊保護，以滿足中國未來人口和國民經濟發展對農產品的需求，為農業生產乃至國民經濟的持續、穩定、快速發展起到保障作用。

　　現行《土地管理法》規定，下列耕地應當根據土地利用總體規劃劃入基本農田保護區，並進行嚴格管理：

　　1.經國務院有關主管部門或者縣級以上地方人民政府批准確定的糧、棉、油生產基地內的耕地；

　　2.有良好的水利與水土保持設施的耕地，正在實施改造計劃以及可以改造的中、低產田；

　　3.蔬菜生產基地；

　　4.農業科研、教學實驗田；

　　5.國務院規定應當劃入基本農田保護區的其他耕地。