蛋產出後，蛋殼表面很快就沾有糞便、墊料感染了病原微生物，這些病原微生物的繁殖速度很快。據研究，剛產出的蛋，蛋殼表面細菌數為100～300個，15分鐘後為1000～3000個，厚墊料飼養的種鴨產蛋1小時後蛋殼表面細菌數甚至可達20000～30000個。種蛋受到汙染後不僅影響到自身的孵化率，更嚴重的是汙染了孵化機和用具，傳染各種疾病。因此蛋產出後，除及時收集種蛋外，還應立即進行消毒處理（種蛋不宜洗，更不能用刷子刷洗蛋殼），以殺滅蛋殼表面附著的病原微生物。常用的消毒方法有以下幾種：（1）福爾馬林燻蒸法 這是當前使用比較普遍的一種消毒方法，既方便，消毒效果又好，適用於密封效能較好、帶風扇的小型蛋房。按每立方米空間，先在一廣口瓷盤或器皿中加入15克高錳酸鉀，注意要均勻攤平，同時將30毫升福爾馬林（40%的甲醛溶液）倒入一口徑較大的容器（如茶杯）中，然後迅速倒入裝有高錳酸鉀的廣口瓷盤或器皿中，隨即關閉門窗燻蒸消毒20～30分鐘後，開啟門窗，開動風扇，儘快排出清毒氣體。消毒時，室內溫度應保持在24～28℃，相對溼度維持在75%～80%，在這種條件下的消毒、殺菌效果最佳，可殺死蛋殼表面的細菌、芽孢和病毒。由於福爾馬林和高錳酸鉀反應劇烈，作用後產生的氣體對人有刺激性，使用時應加以防護，避免接觸到面板或吸入而給人體造成傷害。此方法對外表清潔的種蛋消毒效果較好，對外表沾有糞便或其他汙垢的髒蛋消毒效果不良。由於福爾馬林和高錳酸鉀的價格較貴，為了節省消毒成本，可將蛋架或蛋託用塑膠薄膜包裹密封后燻蒸消毒，也可用0.01%的臭氧溶液代替福爾馬林進行燻蒸消毒。（2）溶液浸泡消毒法 將種蛋排列在蛋架上，用5%新潔爾滅加50倍水配成0.1%的水溶液，對種蛋表面進行噴霧消毒，待種蛋晾乾後送蛋庫貯存或入孵。也可將種蛋放入40～50℃的0.1%新潔爾滅溶液中浸泡3～5分鐘後取出，晾乾後入孵。該方法使用較為方便，但應注意，不得與肥皂、高錳酸鉀、碘、鹼等物質聯用，以免藥液失效。也可將高錳酸鉀配製成0.02%溶液（即在50千克水中加入10克高錳酸鉀），然後把種蛋浸泡在40℃的溶液中浸泡2分鐘左右，取出濾幹後即可入孵。還可用50%的百毒殺（雙癸基二甲基溴化銨溶液）3毫升加10升水後配成消毒液，對種蛋進行噴霧消毒2～3分鐘。因百毒殺價格便宜，無腐蝕性，毒性小，使用安全簡便，深受廣大養鴨戶的喜愛。使用浸泡法對種蛋進行消毒時，一般蛋殼的膠膜會受到不同程度的損傷，因此經浸泡法消毒的種蛋一般不宜送到蛋庫儲存，而應直接入機孵化。（3）紫外線消毒法 在離蛋的表面1米左右處安裝一盞40瓦的紫外線燈管，照射種蛋10～15分鐘即可。但此方法的消毒效果較差，生產中不常採用。