首先，商務資料分析與應用專業以培養電子商務領域的技能型人才為主，而大資料專業的教育目標是培養大資料相關領域的各類人才(含專科教育)，從課程設定來看，大資料專業涵蓋的內容更多一些，涉及到資料的採集、整理、儲存、分析、呈現等內容，而商務資料分析與應用專業則以資料分析和呈現為主。

從就業崗位來看，大資料專業的畢業生可以從事大資料平臺開發、大資料應用開發、大資料分析和大資料運維等崗位，而商務資料分析與應用專業的畢業生往往會集中在資料分析崗位(電子商務運營等)，所以從就業崗位的適應性來看，大資料專業更具優勢一些。

由於大資料專業屬於典型的交叉學科，涉及到數學、統計學和計算機三大塊內容，所以不同高校會根據自身的教育資源分配情況來設定具體的課程，比如一部分高校會以計算機專業為基礎來打造大資料專業，還有一部分高校(財經類)會以統計學專業為基礎來打造大資料專業，但是總的課程體系還是比較統一的，比較注重學生技術能力的培養。

商務資料分析與應用專業通常是以電子商務專業為基礎進行打造的，也可以說是電子商務專業為了適應大資料時代而打造的新型專業，課程內容涉及到統計學、計算機和電子商務三大塊內容，也會涉及到一些管理類課程。在就業崗位方面，該專業依然以電子商務領域的相關崗位為主，但是加強了資料分析能力。電子商務領域在大資料時代會釋放出一些基於資料分析的崗位，而這些崗位往往就是商務資料分析專業畢業生比較適合的崗位。