深圳檢驗檢疫局內設以下職能處（室）:
一、辦公室
負責協調機關日常工作和督查督辦，組織重要會議，負責秘書、機要、保密、文印、檔案、政務資訊與宣傳、外事接待等工作。
二、法制與綜合業務處
負責有關檢驗檢疫法制工作，承辦行政複議、訴訟和司法調查及法制宣傳教育，負責檢驗檢疫業務綜合協調和統計，負責口岸工作規劃、準備及協調，負責涉外檢驗檢疫、鑑定、認證及衛生除害處理機構的監督管理。
三、衛生檢疫處
負責出入境衛生檢疫、傳染病監測和口岸衛生監督，收集國內外有關傳染病疫情資訊，負責傳染病監測體檢與預防接種的管理工作。
四、動物檢驗檢疫處
負責出入境動物及其產品和其他應檢物的檢驗檢疫和監督管理，承辦授權的進境動物檢疫審批，收集動物疫情資訊，承辦出入境動物及其產品的衛生和檢疫註冊的考核與監督檢查。
五、植物檢驗撿疫處
負責出入境植物及其產品和其他應檢物的檢驗檢疫和監督管理，承辦授權的進境植物檢疫審批，收集植物疫情資訊，承辦出入境植物及其產品的衛生和檢疫註冊的考核與監督檢查。
六、食品檢驗監督處
負責進出口食品等商品的衛生、質量檢驗和監督管理，承辦進出口食品衛生註冊的考核和監督檢查。
七、化礦與鑑定業務處
負責進出口石化、礦產、金屬材料、陶瓷、進口廢物原料等商品的法定檢驗和監督管理，承辦分管商品的進出口安全質量許可的考核和監督檢查。負責管理和組織實施進出口法定鑑定業務，負責運載工具、集裝箱等的適載檢驗管理，並協調出入境集裝箱及運載工具的檢驗檢疫工作。
八、輕紡檢驗處
負責進出口輕工、紡織等商品的法定檢驗和監督管理，承辦分管商品的進出口安全質量許可的考核和監督檢查。
九、機電檢驗處
負責進出口機電儀、成套裝置、車輛等商品和包裝的法定檢驗及監督管理，負責外商投資財產鑑定工作，承辦分管商品的進出口安全質量許可、包裝許可的考核和監督檢查。
十、產地證簽證處
負責普惠制原產地證和一般原產地證的簽發與監督管理。
十一、科技處
負責有關檢驗檢疫的科技、標準化工作，負責科技和技術引進，負責情報資料、實驗室、儀器裝置和計算機資訊系統的管理工作。
十二、認證監管處
負責管理和組織實施進出口食品衛生、供港澳敏感商品註冊登記和進口安全質量許可、出口質量許可、質量認證認可等監管工作，負責實驗室認可及人員註冊的有關工作。
十三、通關處
負責出入境檢驗檢疫證書證單的簽發工作，負責檢驗檢疫報檢、計收費、簽證、放行及流程管理。
十四、人事處
負責辦理本局和下屬分支機構、事業單位的幹部任免、調配、考核、公務員管理、職稱評聘、機構編制、勞動工資和教育培訓、安全保衛等工作。對外工作需要可使用“保衛處”的印章。
十五、財務處
負責本局和下屬單位的財務會計、基建計劃、國有資產管理，負責對下屬單位的財務監督檢查。
十六、稽查處
負責組織開展檢驗檢疫行政執法監督檢查、工作質量檢查和專項稽查活動；負責向局紀檢監察部門提供行政執法工作中發現的內部工作人員涉嫌違紀違規案件的線索，並做好有關協查工作；負責對行政執法相對人違反檢驗檢疫法律、法規的行政調查。配合有關部門開展有關整頓市場秩序、打擊走私等活動的組織協調工作。
十七、機關黨委辦公室（政工處）
十八、監察審計室
十九、離退休幹部處
二十、基建處
負責深圳檢驗檢疫局較大基建專案的監督管理等工作，負責深圳檢驗檢疫局及各分支機構、事業單位的辦公設施的計劃、立項、審批及其維護，負責職工住宅等設施的維修等。
深圳檢驗檢疫局內設以下職能處（室）:
一、辦公室
負責協調機關日常工作和督查督辦，組織重要會議，負責秘書、機要、保密、文印、檔案、政務資訊與宣傳、外事接待等工作。
二、法制與綜合業務處
負責有關檢驗檢疫法制工作，承辦行政複議、訴訟和司法調查及法制宣傳教育，負責檢驗檢疫業務綜合協調和統計，負責口岸工作規劃、準備及協調，負責涉外檢驗檢疫、鑑定、認證及衛生除害處理機構的監督管理。
三、衛生檢疫處
負責出入境衛生檢疫、傳染病監測和口岸衛生監督，收集國內外有關傳染病疫情資訊，負責傳染病監測體檢與預防接種的管理工作。
四、動物檢驗檢疫處
負責出入境動物及其產品和其他應檢物的檢驗檢疫和監督管理，承辦授權的進境動物檢疫審批，收集動物疫情資訊，承辦出入境動物及其產品的衛生和檢疫註冊的考核與監督檢查。
五、植物檢驗撿疫處
負責出入境植物及其產品和其他應檢物的檢驗檢疫和監督管理，承辦授權的進境植物檢疫審批，收集植物疫情資訊，承辦出入境植物及其產品的衛生和檢疫註冊的考核與監督檢查。
六、食品檢驗監督處
負責進出口食品等商品的衛生、質量檢驗和監督管理，承辦進出口食品衛生註冊的考核和監督檢查。
七、化礦與鑑定業務處
負責進出口石化、礦產、金屬材料、陶瓷、進口廢物原料等商品的法定檢驗和監督管理，承辦分管商品的進出口安全質量許可的考核和監督檢查。負責管理和組織實施進出口法定鑑定業務，負責運載工具、集裝箱等的適載檢驗管理，並協調出入境集裝箱及運載工具的檢驗檢疫工作。
八、輕紡檢驗處
負責進出口輕工、紡織等商品的法定檢驗和監督管理，承辦分管商品的進出口安全質量許可的考核和監督檢查。
九、機電檢驗處
負責進出口機電儀、成套裝置、車輛等商品和包裝的法定檢驗及監督管理，負責外商投資財產鑑定工作，承辦分管商品的進出口安全質量許可、包裝許可的考核和監督檢查。
十、產地證簽證處
負責普惠制原產地證和一般原產地證的簽發與監督管理。
十一、科技處
負責有關檢驗檢疫的科技、標準化工作，負責科技和技術引進，負責情報資料、實驗室、儀器裝置和計算機資訊系統的管理工作。
十二、認證監管處
負責管理和組織實施進出口食品衛生、供港澳敏感商品註冊登記和進口安全質量許可、出口質量許可、質量認證認可等監管工作，負責實驗室認可及人員註冊的有關工作。
十三、通關處
負責出入境檢驗檢疫證書證單的簽發工作，負責檢驗檢疫報檢、計收費、簽證、放行及流程管理。
十四、人事處
負責辦理本局和下屬分支機構、事業單位的幹部任免、調配、考核、公務員管理、職稱評聘、機構編制、勞動工資和教育培訓、安全保衛等工作。對外工作需要可使用“保衛處”的印章。
十五、財務處
負責本局和下屬單位的財務會計、基建計劃、國有資產管理，負責對下屬單位的財務監督檢查。
十六、稽查處
負責組織開展檢驗檢疫行政執法監督檢查、工作質量檢查和專項稽查活動；負責向局紀檢監察部門提供行政執法工作中發現的內部工作人員涉嫌違紀違規案件的線索，並做好有關協查工作；負責對行政執法相對人違反檢驗檢疫法律、法規的行政調查。配合有關部門開展有關整頓市場秩序、打擊走私等活動的組織協調工作。
十七、機關黨委辦公室（政工處）
十八、監察審計室
十九、離退休幹部處
二十、基建處
負責深圳檢驗檢疫局較大基建專案的監督管理等工作，負責深圳檢驗檢疫局及各分支機構、事業單位的辦公設施的計劃、立項、審批及其維護，負責職工住宅等設施的維修等。