數學系

物理學院：物理系、近代物理系、天文與應用物理系

生命科學學院：分子生物學與細胞生物學系、神經生物學與生物物理學系、

系統生物學系、醫藥生物學系

資訊科學技術學院：電子工程與資訊科學系、自動化系、

電子科學與技術系、資訊保安專業

計算機科學與技術學院

人文與社會科學學院：外語系、科技史與科技考古系、

科技傳播與科技政策系、人文素質教學研究部

馬克思主義理論教學研究部、

科技哲學教研部、體育教學部、

國際發展研究所、現代藝術中心

少年班學院

化學與材料科學學院：化學物理系、材料學與工程系、

化學系、高分子科學與工程系、

化學試驗教學中心

工程科學學院：近代力學系、精密機械與精密儀器系、

熱科學和能源工程系、安全科學與工程系

地球和空間物理學院

管理學院：工商管理系、管理科學系、統計與金融系、

MBA中心、MPA中心

核科學技術學院

軟體學院

繼續教育學院

網路教育學院

蘇州研究院

上海研究院