濾棉是最基本的使用率最高的過濾材料，不管是哪種的過濾器，基本都是必不可少的，主要的功能就是過濾掉水中錦鯉魚的排洩物等大量的廢物，將他們從錦鯉魚缸中過濾出來，也讓後面其他的濾材發揮作用。　 濾棉主要是物理過濾的功能，雖然也能存在一些硝化細菌，但數量有限，而且還要經常的清洗，所以生化過濾的功能基本沒有了。　 濾棉要選購通水性好，不易損壞的，而且不易掉落，不掉色，不會對水質造成二次汙染的，平時要多注意維護，經常檢查水流量，避免異物過度造成堵塞，清洗的時候最好用缸裡的水，或者用自來水清洗，不要放洗滌劑之類的清潔劑，濾棉有一定的使用壽命，根據自己的使用情況定期的更換。

　 生化棉也是一種使用範圍很廣的濾材，主要是起到生化過濾的效果。相對於濾棉來說密度大，不容易損壞，而且要厚得多，這樣就有足夠的空間來寄生硝化細菌。而且也可以過濾掉一些大的異物，所以可以說生化棉是物理過濾及生化過濾都有的一種濾材，但因為一般生化棉的上面為濾棉，所以物理過濾有限，生化棉被廣泛的應用到上濾，外接，內濾過濾器當中。　 生化棉的選購很重要，首先要注意濾水性，使水流能順利透過，不會明顯的減緩水流，選購那種密度大，孔隙多的，現在市場上有一種黃色的海綿狀的，濾水性差，會使水流減緩很多，手感很軟沒有彈性，這樣的儘量不要選購，其生化效果並不好。　 生化棉的維護次數要比濾棉少很多，一般一到兩個月左右，也要看自己的具體情況來定，每次清洗的時候要用缸裡的水，輕輕搓洗幾下就可以了，切忌不要用自來水，因為生化棉裡面寄生了很多的硝化細菌，如果反覆沖洗，容易把硝化細菌洗掉，這樣大大降低了硝化效果，引起水質的波動。生化棉不需要經常的更換，如果發現彈性減弱，內部破損，洗得過爛了就需要更換。