兩者的區別主要體現在四個方面。一是根莖不同，石菖蒲的根莖是淡黃色的，而山奈的是淡綠色的。二是葉片不同，石菖蒲的葉片呈線性，而山奈的葉片是圓形或者闊卵形的。三是花朵不同，石菖蒲的花是肉穗花序，圓柱狀，而山奈是穗狀花，花冠是白色的。四是生長習性不同，石菖蒲不喜光，而山奈喜光。

一、根莖不同

石菖蒲是草本植物，根莖芳香，外部是淡黃色的，根是肉質的，鬚根多。而山奈是宿根草本植物，根莖是塊狀的，外部是綠白色或者淡綠色的。

二、葉片不同

石菖蒲的葉片比較薄，呈暗綠色的，線形，長20-30釐米。基部對摺，中部以上平展。而山奈的葉片幾乎平臥在地上，呈圓形或者闊卵形，綠色。有葉脈，大概10-12條。

三、花朵不同

石菖蒲的花序腋生，呈三稜形。葉狀佛焰苞長13-25釐米。肉穗花序呈圓柱狀，上部漸尖，直立或稍微有些彎曲，花色白色。它的花果期在二月到六月之間。而山奈是穗狀花序，有4-12朵小花。花冠是白色的，呈狹披針形。苞片為披針形，綠色。它的花期在七月到九月之間。

四、生長環境不同

石菖蒲喜歡陰溼的生長環境，不喜歡光照。若是長時間處在光線處，會被灼傷。耐旱能力弱，喜溼潤。而山奈喜歡在溫暖，向陽的氣候環境下上週。多是生長在熱帶，南亞熱帶地區 。栽培的時候要選光照足，排水方面的地塊。