生化危機剛開始悄然爆發的時候並未引起市民的恐慌，大部分市民還按照原來的節奏繼續他們的生活，而保護傘公司已經開始轉移他們在萊肯市的科研人員，在轉移開發T病毒的博士時，他在學校上學的女兒被帶走時卻遭遇車禍……後續的情節是JILL趕到警察局，並且擊斃了一些在警察局中已經變成喪屍的市民，然後和大家一起去了萊肯市的出城檢查站，可是因為想要出城的市民中有已經被喪屍咬過的人，並且已經開始攻擊人類了，保護傘公司在萊肯市的負責人下令關閉了大門，JILL和其他人只好另找出路，她們躲在教堂的時候遇到了女主角，同一時間保護傘公司的僱傭兵們正在和喪屍們“火拼”而且傷亡慘重，在逃亡的路上遇到了JILL一行人。這時候開發T病毒的博士透過電腦撥通了JILL她們旁邊的公用電話，告訴她們，他可以為他們指出逃出城市的路線，條件是JILL她們必須尋找到博士的女兒。她們在救出博士女兒的時候損失了幾個夥伴，原來人員只剩下女主角，僱傭兵卡洛斯，JILL，博士的女兒和一個黑人。而這時候她們也正不斷遭受一個名為追蹤者的生化兵器的追殺。她們最終還是被保護傘公司抓住了，並且保護傘公司駐萊肯市的負責人讓女主角和追蹤者搏鬥，倆人雖然同屬於保護傘公司開發的生化兵器，但是卻屬於不同的型別，結果還是女主角更勝一籌，不過兩個“人形兵器”卻都認出了對方，追蹤者其實是第一集結尾中被帶走的男子，在追蹤者的幫助下，女主角一行人終於趕在核彈爆炸前離開了萊肯市，不過飛機在飛行時因為核爆衝擊波的緣故墜毀了。女主角的“屍體”再一次被保護傘公司找到並送進了實驗室，並且被“修理”好了，但是女主角已經失去記憶了，並且開始透過精神能力殺傷周圍的科研人員，連實驗室的主管也已經被攻擊受傷，不過他們還是制伏了女主角，而這時其他倖存者扮成了保護傘公司的高層管理人員從實驗室帶走了女主角，不過這一切卻是這個實驗室主管的圈套……復仇巨人和愛麗絲是保護傘公司設計的生化武器。公司只是為了測試他們誰更厲害。所以殺不殺殭屍都無關緊要了。核武器只是摧毀了這城市。但是陽傘公司是遍佈全球的。所以才出現第三部全球生化的局面。