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企鵝的祖先到底長什麼樣？由於現在缺乏更多的化石資料，很難去真實地復原它們。

從現代企鵝來看，它們無論身高有多大的差距，但它們都善於游水和潛水，都不會飛。

因此，企鵝的祖先會飛行嗎，會潛水嗎?能回答這個問題，也就能大體推測企鵝的祖先的外觀。現代研究發現，如果有一種海鳥，不但會深潛，還會飛行，這對鳥來說是個很高的挑戰。飛行，需要鳥有流線型的身體，以及寬闊的翅膀，體重不能太重。不然，會影響飛行效率。而潛水，尤其是深潛，需要短粗的翅膀，以及身體外層有厚厚的脂肪。

在1887年，科學家孟茲比爾認為，企鵝的祖先根本不會飛行。後來，科學家們在南極發現了一種與企鵝外觀相似的動物化石，它高約1米、體重有9公斤，具有兩棲動物的特徵。 1981年，日本發現了一種相似企鵝的海鳥化石。這是一種距今3000萬年、不會飛的原始海鳥化石，或許它就是現代企鵝的祖先。但也有一些人認為，企鵝的祖先會飛。

經過近萬年的發展，隨著南極大陸不斷南下，越來越冷，四周都是大海。它們想飛也無處飛了，而南極大陸的很多動物大量死亡。企鵝的祖先們，就是這批會飛的動物也發生變化，由以前蓬鬆的羽毛變成了細密針狀的羽毛，身軀由苗條變得矮胖了，抗低溫的能力增強了。不會飛行了，但潛水本領大漲。終於，變成了現代的企鵝。