有一個名叫尼爾斯的瑞典小男孩，他十分淘氣，因為淘氣，變成了小狐仙。為了阻止雄鵝與雁群飛走，他騎在了雄鵝背上，卻與大雁群一起飛走了。

當尼爾斯與雁群第一次休息時，從狐狸斯密爾口中救下了領頭雁阿卡，從阿卡口中他知道回家才可以變回人類，可是他不決定回去了，準備與雁群去拉普蘭。

尼爾斯參加了鸛之舞表演大會，將對雁群發起攻擊的斯密爾趕出了斯康耐，參加完大會後，雁群與尼爾斯繼續前進。尼爾斯遊覽了卡爾斯克魯納；落在了厄蘭島的南端，在那裡與雄鵝拯救了小灰雁鄧芬；借宿在山羊家，並幫助它趕跑了狐狸們，狐狸斯密爾為了報復，讓烏鴉們去抓尼爾斯，在白羽卡爾木的幫助下尼爾斯從狐狸的身邊逃去，而白羽卡爾木卻死了。

尼爾斯繼續飛行，見到了粗麻布一樣的東耶特蘭；幫助小馬茨和奧薩從冰上逃離；從渡鴉那裡得知了兩個傳說；並把壞蛋：“狐狸斯密爾”關進了狗窩裡；還從一位老奶奶口中得知了烏普蘭是如何從貧窮變為瑞典首都的。

尼爾斯幫助小灰雁鄧芬回家後，尼爾斯落入了魚簍裡，他被關進了公園，幫助老鷹高爾果回到天空，高爾果給尼爾斯講了他與阿卡的故事，他們一起回到了雁群。

回到燕群后，尼爾斯幫助奧薩找到了父親，尼爾斯也回家了，奧薩與她的父親幫助了尼爾斯，就在雄鵝要被殺死之時，尼爾斯勇敢地站了出來，變回了人，救了雄鵝，回到了家。