膳食給人體提供各類蛋白質，在胃腸道內，透過各種酶的聯合作用分解成氨基酸。蛋白質在胃腸道內的消化過程如下：

食物蛋白經口腔加溫，進入胃後，胃黏膜分泌胃泌素，刺激胃腺的腔壁細胞分泌鹽酸和主細胞分泌胃蛋白酶原。無活性的胃蛋白酶原經啟用轉變成胃蛋白酶。胃蛋白酶將食物蛋白質水解成大小不等的多肽片段，隨食糜流入小腸，觸發小腸分泌胰泌素。胰泌素刺激胰腺分泌碳酸氫鹽進入小腸，中和胃內容物中的鹽酸。pH值達7.0左右。同時小腸上段的十二指腸釋放出腸促胰酶肽，以刺激胰腺分泌一系列的胰酶原，其中有胰蛋白酶原、胰凝乳蛋白酶原和羧肽酶原等。在十二指腸內，胰蛋白酶原經小腸細胞分泌的腸激酶作用，轉變成有活性作用的胰蛋白酶，催化其他胰酶原啟用。這些胰酶將肽片段混合物分別水解成更短的肽。小腸內生成的短肽由羧肽酶從肽的C端降解，氨肽酶從N端降解，如此經過多種酶的聯合催化，食糜中的蛋白質降解成氨基酸（或氨基酸和小肽）的混合物，再由腸黏膜上皮細胞吸收進入機體。遊離的氨基酸進入血液迴圈進入人體。

氨基酸的吸收是一種耗能過程。天然的氨基酸都含有a-氨基和羧基，氨基酸的代謝一般也含有脫氨基作用和脫羧基作用兩個方面。其中脫氨基為主要代謝途徑。

酶是消化吸收的主要工具。如果屁很臭說明蛋白質消化不良。就要適當補充相關酶類或有助消化吸收的益生菌。