首先說明的應該不是查扣，是先行登記儲存，過了七天一樣可以去處理！如果被先行登記儲存的捲菸中沒有非法生產的捲菸像你的這種情況菸草專賣管理部門是要移交工商部門處理的。

無證經營菸草分為生產、批發、銷售、運輸不同的環節，處罰不同，具體如下 ：

《菸草專賣法》

第二十九條  無準運證或者超過準運證規定的數量託運或者自運菸草專賣品的，由菸草專賣行政主管部門處以罰款，可以按照查獲地省級菸草專賣行政主管部門出具的上年度菸葉平均收購價格的百分之七十收購違法運輸的菸葉，按照市場批發價格的百分之七十收購違法運輸的除菸葉外的其他菸草專賣品；情節嚴重的，沒收違法運輸的菸草專賣品和違法所得。

承運人明知是菸草專賣品而為無準運證的單位、個人運輸的，由菸草專賣行政主管部門沒收違法所得，並處罰款。

超過國家規定的限量異地攜帶菸葉、菸草製品，數量較大的，依照第一款的規定處理。

第三十條  無煙草專賣生產企業許可證生產菸草製品的，由菸草專賣行政主管部門責令關閉，沒收違法所得，並處罰款。

無煙草專賣生產企業許可證生產捲菸紙、濾嘴棒、煙用絲束或者菸草專用機械的，由菸草專賣行政主管部門責令停止生產上述產品，沒收違法所得，可以並處罰款。

第三十一條  無煙草專賣批發企業許可證經營菸草製品批發業務的，由菸草專賣行政主管部門責令關閉或者停止經營菸草製品批發業務，沒收違法所得，並處罰款。

第三十二條  無煙草專賣零售許可證經營菸草製品零售業務的，由工商行政管理部門責令停止經營菸草製品零售業務，沒收違法所得，並處罰款。

工商查扣的菸草通常會沒收，屬於合格菸草的通常會拍賣，所得款項上繳車庫，屬於不合格菸草的會統一進行銷燬。