第一集雲霄飛車殺人事件 作為第一集是非常值得看的主人公工藤新一變為柯南， 第11集鋼琴奏鳴曲「月光」殺人事件 這一集雖然沒有特殊的人物但挺感人的 第42集卡拉OK歌廳殺人事件 柯南用新一的聲音解決的案件 第57 58集福爾摩斯˙詭異的殺人事件 服部平次知道柯南的真實身份啦 第81集當紅歌星綁架事件 少年偵探團踴躍參加 最後柯南唱歌也很搞笑 第100 101集初戀情人回憶事件 新一喜歡的人啊小蘭貌似誤會了 第118集 浪花連續殺人事件 平次與柯南一起解決案件 平次的老爸也挺厲害的 第128集黑暗組織10億搶劫事件 終於見到組織了 第129集來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 來了一位組織的女子是敵是友？ 第123 124 125集魔術愛好者殺人事件 貌似是怪盜基德第一次登場 第146集本廳刑事的戀愛物語 高木警官的戀愛啊（以及以後的戀愛物語都挺好看的） 第153集園子的夏日海灘冒險物語 園子有喜歡的人了 格鬥公子出現 第162 集飛機空中密室！工藤新一的首次的辦案 第175集被殺了四次的男人 這個男人有點兒衰啊 第176集 與黑暗組織的再會（灰原篇） 第177集 與黑暗組織的再會（柯南篇） 第178 集與黑暗組織的再會（解決篇） 第188 危命的復活 洞窟內的偵探團 第189 危命的復活 負傷之下的名偵探 第190 危命的復活 第三個選擇 第191 危命的復活 黑衣騎士 第192 危命的復活 新一回來了 第193 危命的復活 約定的場所 （危險的復活系列講小蘭懷疑柯南的身份 柯南被迫變新一 平次與小哀插一腳) 第196集看不見的兇器． 第217集目暮塵封的秘密 目暮警官帽子底下的秘密 219 名偵探的會集！新一vs怪盜KID 258 259來自芝加哥的男子 這個男子身份可不一般 263 大阪雙謎 浪花劍士與太閣之城 266 情人節的真實（事件篇） 267 情人節的真實（推理篇） 268 情人節的真實（解決篇） 277英語教師VS西部名偵探 柯南與平次拜訪小蘭的老師 284中華街 雨中的似曾相識 和 286 287 288工藤新一紐約事件 不可分開看 304 震動的警視廳！1200萬人質 柯南與高木警官被困電梯 拆炸藥 307 無聲的證據（前篇） 308 無聲的證據（後篇） 309 與黑暗組織的再會（交涉篇） 310 與黑暗組織的再會（追蹤篇） 311 與黑暗組織的再會（決死篇） （307-311連看） 323服部平次一籌莫展與325火焰中的紅馬 連看 329 330被挑撥的友情 333 334像公主的人 新一的媽媽與小蘭的媽媽出現 335 東京現影所的秘密（前篇） 336 東京現影所的秘密（前篇） 337 墜落事件的隱情 338 四輛保時捷（前篇） 339 四輛保時捷（後篇） 340 廁所裡隱藏的秘密（前篇） 341 廁所裡隱藏的秘密（後篇） （335--341連看有關黑暗做值得） 345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 356 怪盜基德的驚異的空中步行 383 甲子園的奇蹟 絕不能輸給看不見的惡魔 403 404不可思議的天使之館 偵探團探險迷宮 406 407 408柯南和平次的推理魔術 平次吃醋了 421 422銀杏色的初戀 阿笠博士的初戀 425 Black impact ! 被組織的魔掌觸碰的瞬間 457 458園子的紅手帕 園子與格鬥公子 462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 463 黑暗組織的影子 奇妙的照明 464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬 465 黑暗組織的影子 珍珠流星 472473工藤新一少年時的冒險 新一與小蘭幼時的探險很可愛 479 和服部平次一起的3天 490 服部平次vs工藤新一 滑雪場的推理對決★ （初中時的對決） 491----504紅與黑的碰撞系列 很激動人心，本堂瑛祐的身世及其姐姐的身份與黑組織的聯絡 赤井秀一與柯南合作及秀一的犧牲) 511 推理對決！新一VS衝矢昴 衝矢昴與黑組織的聯絡？ 521 殺人犯-工藤新一 1SP 1月19日 522 新一的真實身份與蘭的眼淚 523 真正想問的事 （三集連看 新一失憶？小蘭表白？） 537 538 怪盜基德VS最強金庫 挺搞笑的 568 569白鳥警部 櫻之回憶 白鳥警部的單相思啊 583 小林老師的戀愛 584 白鳥警部的失戀 585 超越時空的櫻之戀 616 福爾摩斯的默示錄（名偵探的弟子） 617 福爾摩斯的默示錄（love is 0） 618 福爾摩斯的默示錄（撒旦） 619 福爾摩斯的默示錄（code break） 620 福爾摩斯的默示錄（草地女王） 621 福爾摩斯的默示錄(0 is start) （福爾摩斯的默示錄系列講述可那在倫敦的辦案及對小蘭的表白） 653 偵探事務所被困事件（爆發篇） 654 偵探事務所被困事件（狙擊篇） 655 偵探事務所被困事件（解放篇）（神秘的女偵探？） 656 柯南VS平次 東西偵探推理對決 （神秘的女偵探插一腳 她與FBI有什麼關係） 以上是我認為在這麼多集中比較突出的，但建議提問者還是慢慢看比較好，畢竟這樣感覺不一樣 當然每年的劇場版及其特典，還有OVA，特輯也是非常值得看的。希望你有耐心看下去
第一集雲霄飛車殺人事件 作為第一集是非常值得看的主人公工藤新一變為柯南， 第11集鋼琴奏鳴曲「月光」殺人事件 這一集雖然沒有特殊的人物但挺感人的 第42集卡拉OK歌廳殺人事件 柯南用新一的聲音解決的案件 第57 58集福爾摩斯˙詭異的殺人事件 服部平次知道柯南的真實身份啦 第81集當紅歌星綁架事件 少年偵探團踴躍參加 最後柯南唱歌也很搞笑 第100 101集初戀情人回憶事件 新一喜歡的人啊小蘭貌似誤會了 第118集 浪花連續殺人事件 平次與柯南一起解決案件 平次的老爸也挺厲害的 第128集黑暗組織10億搶劫事件 終於見到組織了 第129集來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 來了一位組織的女子是敵是友？ 第123 124 125集魔術愛好者殺人事件 貌似是怪盜基德第一次登場 第146集本廳刑事的戀愛物語 高木警官的戀愛啊（以及以後的戀愛物語都挺好看的） 第153集園子的夏日海灘冒險物語 園子有喜歡的人了 格鬥公子出現 第162 集飛機空中密室！工藤新一的首次的辦案 第175集被殺了四次的男人 這個男人有點兒衰啊 第176集 與黑暗組織的再會（灰原篇） 第177集 與黑暗組織的再會（柯南篇） 第178 集與黑暗組織的再會（解決篇） 第188 危命的復活 洞窟內的偵探團 第189 危命的復活 負傷之下的名偵探 第190 危命的復活 第三個選擇 第191 危命的復活 黑衣騎士 第192 危命的復活 新一回來了 第193 危命的復活 約定的場所 （危險的復活系列講小蘭懷疑柯南的身份 柯南被迫變新一 平次與小哀插一腳) 第196集看不見的兇器． 第217集目暮塵封的秘密 目暮警官帽子底下的秘密 219 名偵探的會集！新一vs怪盜KID 258 259來自芝加哥的男子 這個男子身份可不一般 263 大阪雙謎 浪花劍士與太閣之城 266 情人節的真實（事件篇） 267 情人節的真實（推理篇） 268 情人節的真實（解決篇） 277英語教師VS西部名偵探 柯南與平次拜訪小蘭的老師 284中華街 雨中的似曾相識 和 286 287 288工藤新一紐約事件 不可分開看 304 震動的警視廳！1200萬人質 柯南與高木警官被困電梯 拆炸藥 307 無聲的證據（前篇） 308 無聲的證據（後篇） 309 與黑暗組織的再會（交涉篇） 310 與黑暗組織的再會（追蹤篇） 311 與黑暗組織的再會（決死篇） （307-311連看） 323服部平次一籌莫展與325火焰中的紅馬 連看 329 330被挑撥的友情 333 334像公主的人 新一的媽媽與小蘭的媽媽出現 335 東京現影所的秘密（前篇） 336 東京現影所的秘密（前篇） 337 墜落事件的隱情 338 四輛保時捷（前篇） 339 四輛保時捷（後篇） 340 廁所裡隱藏的秘密（前篇） 341 廁所裡隱藏的秘密（後篇） （335--341連看有關黑暗做值得） 345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 356 怪盜基德的驚異的空中步行 383 甲子園的奇蹟 絕不能輸給看不見的惡魔 403 404不可思議的天使之館 偵探團探險迷宮 406 407 408柯南和平次的推理魔術 平次吃醋了 421 422銀杏色的初戀 阿笠博士的初戀 425 Black impact ! 被組織的魔掌觸碰的瞬間 457 458園子的紅手帕 園子與格鬥公子 462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 463 黑暗組織的影子 奇妙的照明 464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬 465 黑暗組織的影子 珍珠流星 472473工藤新一少年時的冒險 新一與小蘭幼時的探險很可愛 479 和服部平次一起的3天 490 服部平次vs工藤新一 滑雪場的推理對決★ （初中時的對決） 491----504紅與黑的碰撞系列 很激動人心，本堂瑛祐的身世及其姐姐的身份與黑組織的聯絡 赤井秀一與柯南合作及秀一的犧牲) 511 推理對決！新一VS衝矢昴 衝矢昴與黑組織的聯絡？ 521 殺人犯-工藤新一 1SP 1月19日 522 新一的真實身份與蘭的眼淚 523 真正想問的事 （三集連看 新一失憶？小蘭表白？） 537 538 怪盜基德VS最強金庫 挺搞笑的 568 569白鳥警部 櫻之回憶 白鳥警部的單相思啊 583 小林老師的戀愛 584 白鳥警部的失戀 585 超越時空的櫻之戀 616 福爾摩斯的默示錄（名偵探的弟子） 617 福爾摩斯的默示錄（love is 0） 618 福爾摩斯的默示錄（撒旦） 619 福爾摩斯的默示錄（code break） 620 福爾摩斯的默示錄（草地女王） 621 福爾摩斯的默示錄(0 is start) （福爾摩斯的默示錄系列講述可那在倫敦的辦案及對小蘭的表白） 653 偵探事務所被困事件（爆發篇） 654 偵探事務所被困事件（狙擊篇） 655 偵探事務所被困事件（解放篇）（神秘的女偵探？） 656 柯南VS平次 東西偵探推理對決 （神秘的女偵探插一腳 她與FBI有什麼關係） 以上是我認為在這麼多集中比較突出的，但建議提問者還是慢慢看比較好，畢竟這樣感覺不一樣 當然每年的劇場版及其特典，還有OVA，特輯也是非常值得看的。希望你有耐心看下去