1、依據組成晶體的晶格質點和質點間的作用判斷

原子晶體的晶格質點是原子，質點間的作用是共價鍵。分子晶體的晶格質點是分子，質點間的作用為分子間作用力，即範德華力。

2、依據物質的分類判斷

大多數非金屬單質（除金剛石、石墨、晶體矽、晶體硼外）、氣態氫化物、非金屬氧化物（除SiO2外）、酸、絕大多數有機物（除有機鹽外）是分子晶體。原子晶體單質有金剛石、晶體矽、晶體硼等；常見的原子晶體化合物有碳化矽、二氧化矽等。

3、依據導電性判斷

原子晶體一般為非導體，分子晶體為非導體。

4、依據硬度和機械效能判斷

原子晶體硬度大，分子晶體硬度小且較脆。

擴充套件資料：

原子晶體是相鄰原子之間只通過強烈的共價鍵結合而成的空間網狀結構的晶體。原子晶體一般具有較高的熔點，沸點和硬度，在通常情況下不導電，也是熱的不良導體。熔化時也不導電，但半導體矽等可有條件的導電。

原子晶體不導電、不易溶於任何溶劑，化學性質十分穩定。例如金剛石，由於碳原子半徑較小，共價鍵的強度很大，要破壞4個共價鍵或扭歪鍵角都需要很大能量，所以金剛石的硬度最大，熔點達3570℃，是所有單質中最高的。又如立方BN的硬度近於金剛石。