這個問題很尖銳啊，呵呵，應該找有關的科學家解釋下更好。我就把我的理解說說吧。先說明一點，不是所有的水晶都與瑪瑙共生，與瑪瑙共生的水晶也通常是小水晶、水晶芽。瑪瑙和水晶的主要成分都是二氧化矽，只是結晶不同，瑪瑙是多結晶體，而水晶是單體的。水晶的生長環境，多是在地底下、巖洞中，需要含有飽和的二氧化矽的水溶液，同時此中的壓力約需在大氣壓力下的二倍至三倍左右，溫度則需在550－600℃間，再給予適當時間，水晶就會依著「六方晶系」（hexagonal system）的自然法則，而結晶成六方柱狀的水晶了。而瑪瑙的形成要比水晶的條件簡單，時間也快。我們知道，在地球的深部有大量處於熔融狀態的岩漿。當受到地質構造活動影響時，岩漿上升，湧入地球表層----地殼，在這一過程中，由於溫度、壓力等條件的改變，便從岩漿中分離出含二氧化矽的熱水溶液。當它流入岩石縫隙中後，冷卻沉澱發生的如果很快，就只能形成細顆粒的瑪瑙和玉髓之類的；如果有充足的溫度和時間，就容易生長出水晶。同樣一個晶洞，在不同的生長髮育階段，冷凝的速度不同，內外形成的也不同，外面形成瑪瑙，裡面形成水晶。舉個例子吧，糖和冰糖都是從甘蔗中提取的，但是冰糖是糖在一定條件下的結晶體，沒達到這個條件的就形成了糖，達到條件的就形成冰糖了。也不知道這麼舉例對不對，呵呵，只是希望你能更明白。如果有更科學的解釋也請發上來，讓大家都學習下。