生物防治，主要是保護和利用天敵，也可利用對人畜無害而僅對鼠類有致命危險的微生物病原體。應加保護的鼠類天敵在哺乳類中有黃鼬（黃鼠狼）、艾虎（艾鼬）、香鼬（香鼠）、狐狸、兔猻、猞猁、野狸和家貓等，鳥類中有長耳鴞、短耳鴞、縱紋腹小鴞等貓頭鷹類，爬行類動物中主要是各種蛇類等。為此需注意保護天敵。化學防治，主要是使有毒物質進入害鼠體內，破壞鼠體的正常生理機制而使其中毒死亡。效果快、使用簡便、廣泛用於大面積滅鼠時能暫時降低鼠的密度和把危害控制在最小程度。缺點是一些劇毒農藥能引起二次甚至三次中毒，導致鼠類天敵日益減少，生態平衡遭到破壞；在使用不當時還會汙染環境，危及家畜、家禽和人的健康。常用藥物中的腸道毒物有磷化鋅、殺鼠靈、敵鼠鈉鹽等；燻蒸毒物有氯化苦、氰化氫、磷化氫等。大隆（溴聯萊殺鼠迷）滅鼠劑在農田滅鼠中的效果尤佳。物理防治，主要利用器械滅鼠。多用於倉庫、畜舍、野外動物調查等方面，常用的器械有鼠鋏、鼠籠、繩套、壓板、水淹、刺殺等。電流擊鼠效果較慢，常用作輔助工具。生態防治，主要是破壞和改變鼠類的適宜生活條件和環境，使之不利於鼠類的棲息和繁殖，並增加其死亡率。常用的田間措施有合理規劃耕地、精耕細作、快速收穫、減少田埂和剷除雜草、冬灌和定期翻動草垛等。室內措施包括設定防鼠設施以保管食品，斷絕鼠糧，經常打掃和變動一些物品的位置，發現鼠窩立即搗毀和堵塞等。此外，不孕劑和動物外激素以及超聲波驅鼠等滅鼠方法也已開始試用。中國還用鼠類外激素如尿液等作為性引誘劑，與毒餌或其他捕鼠工具相配合進行滅鼠。