不同的食品有不同的國家標準或者行業標準，你要看什麼食品或什麼微生物就要查詢相應的食品標準。比如GB 4789.3-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸菌群計數。

中國衛生部頒佈的食品微生物指標有菌落總數、大腸菌群和致病菌三項。

1、菌落總數

菌落總數是指食品檢樣經過處理，在一定條件下培養後所得1g或1ml檢樣中所含細菌菌落的總數。它可以反應食品的新鮮度、被細菌汙染的程度、生產過程中食品是否變質和食品生產的一般衛生狀況等。因此它是判斷食品衛生質量的重要依據之一。

2、大腸菌群

大腸菌群包括大腸桿菌和產氣桿菌的一些中間型別的細菌。這些細菌是寄居於人及溫血動物腸道內的腸居菌，它隨著的大便排出體外。食品中如果大腸菌群數越多，說明食品受糞便汙染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便汙染食品的衛生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義。

3、致病菌

致病菌既能夠引起人們發病的細菌。對不同的食品和不同的場合，應該選擇一定的參考菌群進行檢驗。例如：海產品以副溶血性弧菌作為參考菌群，蛋與蛋製品以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌等作為參考菌群，米、面類食品以蠟樣芽孢桿菌、變形桿菌、黴菌等作為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽孢菌作為參考菌群等等。

4、黴菌及其毒素

中國還沒有制定出黴菌的具體指標，鑑於有很多黴菌能夠產生毒素，引起疾病，故應該對產毒黴菌進行檢驗。例如：麴黴屬的黃麴黴、寄生麴黴等，青酶屬的桔青酶、島青酶等，鐮刀酶屬的串珠鐮刀酶，禾穀鐮刀酶等等。

5、其它指標

微生物指標還應包括病毒，肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒，狂犬病病毒，豬水泡病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被很多學者列為微生物檢驗的指標：如旋毛蟲，囊尾蚴，住肉孢子蟲、蛔蟲，肺吸蟲，弓形體，蟎，薑片吸蟲，中華分枝睪吸蟲等等 。