因為習慣了，沒有那個意識。

題主所說的那種，在咱們中國國內最常見的例子應該就是「ばか（baka）」被音譯成「八嘎（baga）」了。

事實上，本為清音的假名在日常使用當中出現偏向濁音的發音的情況確實在日語中並不少見，但實際上，這種偏音現象並非是一種故意而為之的主動行為。正如題主自己所說，這是一種日常聊天中不去刻意追求發音的準確性而導致的無意識間的「圖方便」性質的偏音。

所以，在一些要求你使用正常發音的場合以及職業，比如公開演講、比如電視主播等，自然會被要求注意這些發音的。

至於題主好奇的「為什麼不直接把這部分濁化了？」的問題，我覺得可以拿咱們漢語的類似例子來說明：

我上學時曾經不止一次有過這樣的經歷——走廊裡碰到老師的時候，快速說出「老師好」三個字，但說完後我就會意識到我發出來的音並不是「laoshihao」，而是「laoriao」。

但是，我從來沒有覺得有必要將「老師（laoshi）」的發音改成「laori」。為什麼呢？

因為習慣了，沒有那個意識。

我不會因為習慣於把「老師好（laoshihao）」給快念成「laoriao」而產生將這個發音修改的想法。同理，日本人也一樣不會因為時不時地把「ばか（baka）」給發音成「baga」而產生將其修改的意識。

至於題主所說的「在書寫的時候總寫錯，或者聽不懂別人發的音」，這應該是僅限於一種情況：你不熟悉這個單詞。

如果你熟悉了，那麼即便是對方的發音再怎麼不標準，你也應該是能明白對方說的是什麼意思的。

這一點，與你是否在學習日語完全無關，因為這並不是日語的特例。

即便是我們和別人用漢語談話時，也會因為對方說出一些自己從未聽說過的新奇詞彙而感到迷茫，甚至事後按照你印象中的發音翻看詞典半天也查不到答案。只有你詢問替對方「你說什麼？我沒聽清楚」的時候，對方可能才會換一個比較慢的語調和更為標準的發音。

我相信日常生活中這樣的例子未必很多，但也一定不少。

即便是換做外國友人，有時候也一樣會覺得我們華人的一些發音並不標準，而產生和題主一樣「在書寫的時候總寫錯，或者聽不懂別人發的音」的情況。

所以說，這從來就不是日語獨有的問題。