氨基酸按照一定的順序排列不一定會成為有固定結構的分子。有生物活性的蛋白質分子也不一定有固定的結構。我比較同意 @menz 的回答，不過覺得還有一個點沒有答到：你隨手寫下一個氨基酸序列，雖然它可以疏水殘基被包埋，甚至還可能有氫鍵、電荷等其它作用參與摺疊等過程，但不太可能它就是一條能摺疊到（唯一的）天然態結構的蛋白質的序列，蛋白質的序列是在進化中被選擇出來的，隨手寫一個序列，你隨手寫下的序列很有可能：（1）沒有一個確定的能量最低狀態（玻璃態）；（2）有一個能量最低的狀態，但該狀態跟能量次低的狀態沒有什麼差距（不具有熱穩定性）；（3）有一個能量最低的狀態，但那個狀態實現起來特別困難（例如鏈長太長，摺疊過程需要經過能量很高的中間態，最低能量態需要打上各種複雜的繩結）；（4）就算有確定的結構，但也不一定真的能行使某些確定的功能。事實上，真實世界裡，大多數生物體內的蛋白質（或者根據生物體內蛋白質做簡單的突變，又或者人工設計的蛋白質）通常都有一個（或者很少的若干個）穩定的能量最低的結構，並在這個結構附近實現其動力學，之所以能有這些少量的穩定的結構就是因為「序列空間」已經被大大壓縮了。因此，更準確的說法不是「幾個氨基酸透過一定順序排列，並具有一定的空間結構，便會突然具有生物活性」，而是「具有摺疊快、穩定性強或其它特殊功能特性的極罕見的氨基酸排列方式，能快速摺疊到穩定的天然態結構，這些確定的天然態結構能實現其生物學功能，在進化中被選擇了出來」。至於各種蛋白質為什麼能實現功能，則各個蛋白各有其精妙處，這裡不再贅述。考慮到這一點，再來看看 @menz 的比喻，我覺得可以這樣理解：確實一開始有各種隨機組裝的手工車間，但也有各種組合形式的生產流水線，正因為有「進化」的參與，所以才形成了「自動機械手臂」（蛋白質），大自然毀掉了那些組裝效率不高的流水線，解僱掉了那些員工，只有那些高效生產的車間被留了下來，不斷擴大生產，並且在現有的基礎上，生產線被不斷改進，設計出各種新的組裝機器，再後來，隨著進化的不斷進行，甚至為了進一步提高效率，還出現了更多的車間，更多的工具，甚至出現了藍翔……
氨基酸按照一定的順序排列不一定會成為有固定結構的分子。有生物活性的蛋白質分子也不一定有固定的結構。我比較同意 @menz 的回答，不過覺得還有一個點沒有答到：你隨手寫下一個氨基酸序列，雖然它可以疏水殘基被包埋，甚至還可能有氫鍵、電荷等其它作用參與摺疊等過程，但不太可能它就是一條能摺疊到（唯一的）天然態結構的蛋白質的序列，蛋白質的序列是在進化中被選擇出來的，隨手寫一個序列，你隨手寫下的序列很有可能：（1）沒有一個確定的能量最低狀態（玻璃態）；（2）有一個能量最低的狀態，但該狀態跟能量次低的狀態沒有什麼差距（不具有熱穩定性）；（3）有一個能量最低的狀態，但那個狀態實現起來特別困難（例如鏈長太長，摺疊過程需要經過能量很高的中間態，最低能量態需要打上各種複雜的繩結）；（4）就算有確定的結構，但也不一定真的能行使某些確定的功能。事實上，真實世界裡，大多數生物體內的蛋白質（或者根據生物體內蛋白質做簡單的突變，又或者人工設計的蛋白質）通常都有一個（或者很少的若干個）穩定的能量最低的結構，並在這個結構附近實現其動力學，之所以能有這些少量的穩定的結構就是因為「序列空間」已經被大大壓縮了。因此，更準確的說法不是「幾個氨基酸透過一定順序排列，並具有一定的空間結構，便會突然具有生物活性」，而是「具有摺疊快、穩定性強或其它特殊功能特性的極罕見的氨基酸排列方式，能快速摺疊到穩定的天然態結構，這些確定的天然態結構能實現其生物學功能，在進化中被選擇了出來」。至於各種蛋白質為什麼能實現功能，則各個蛋白各有其精妙處，這裡不再贅述。考慮到這一點，再來看看 @menz 的比喻，我覺得可以這樣理解：確實一開始有各種隨機組裝的手工車間，但也有各種組合形式的生產流水線，正因為有「進化」的參與，所以才形成了「自動機械手臂」（蛋白質），大自然毀掉了那些組裝效率不高的流水線，解僱掉了那些員工，只有那些高效生產的車間被留了下來，不斷擴大生產，並且在現有的基礎上，生產線被不斷改進，設計出各種新的組裝機器，再後來，隨著進化的不斷進行，甚至為了進一步提高效率，還出現了更多的車間，更多的工具，甚至出現了藍翔……