蜜柚對施肥管理，對營養的需求是相當高的，比一般的柑橘品種，比如砂糖橘、臍橙、貢柑等都要較難管理，稍有不慎就會出現黃樹、敗樹、黃葉、大小年等問題。原來柚子由於葉片和果型都比較大，所以在營養的需求上，除了需滿足氮磷鉀的需求外，其對鈣鎂鋅硼的需要量比普通柑橘品種要高30-50%。而在實際的管理中，柚農們對氮磷鉀的補充很重視，普遍一年要追施4-5次複合肥，每次施用量也很高，而鈣鎂鋅硼的補充卻嚴重不夠。當蜜柚缺鈣後，會影響根系的生長，毛細根很少，吸肥能力有限，儘管施了大量的複合肥，樹勢還是不好，甚至出現敗樹黃樹現象。蜜柚缺鎂，直接導致的就是黃葉，特別是進入膨果期、採果後黃葉問題更加突出，甚至發展到很多蜜柚園子因為缺鎂太嚴重春梢出來就無法正常轉綠。而缺鋅缺硼，則會影響柚子樹正常的花芽分化，造成大小年現象，敗樹、黃葉和超負荷掛果更是加劇了大小年的發生。

蜜柚每年的幾次關鍵施肥，冬肥、春肥、定果肥、膨果肥、採後肥，除了要透過施用有機肥增加土壤有機質含量，施用複合肥補充大量元素氮磷鉀外，還要補充鈣鎂鋅硼等微肥營養，在撒施、埋施複合肥或有機肥的時候，加入微補倍力顆粒劑（鈣15%鎂5%鋅1%硼1%）3兩/樹，可有效平衡營養，預防蜜柚的各種缺素症狀，減少敗樹、黃葉和大小年的發生。同時，在蜜柚營養需求高的關鍵時期，比如壯花期、保果期、膨果期，還要透過葉面噴施補給各種速效養分。