1、主神獸區別：兩版本主神獸不同。黑2抓的是是黑色酋雷姆，白2抓的是白色酋雷姆。
2、鑰匙系統區別：通關之後，黑2獲得“挑戰鑰匙”，白2獲得“助手鑰匙”。黑色摩天樓第五區通關後，黑2獲得“摩天樓鑰匙”，白2獲得“樹洞鑰匙”。捕捉雷吉洛克後，黑2獲得“鐵鑰匙”，白2獲得“冰山鑰匙”。
3、野生精靈區別：小鴨嘴龍、跳跳豬、噗噗豬、卷卷耳、長耳兔、木棉球、風妖精、哥德寶寶、哥德小童、哥德小姐、毛頭小鷹是黑2專有的野生精靈。電擊怪、向尾喵、優雅貓、呆火駝、噴火駝、百合根娃娃、裙兒小姐、單卵細胞球、雙卵細胞球、人造細胞卵、禿鷹小子是白2專有的野生精靈。大甲黑2與赫拉克羅斯白2是版本專有的野生精靈，但在隱藏洞穴中，兩者在同一個版本中出現。獵斑魚黑2與櫻花魚白2是版本專有的野生精靈，但其未進化型珍珠貝在兩個版本中都有出現。擴充套件資料《黑白》的遊戲設定：《口袋妖怪 黑·白》的遊戲舞臺被設定在合眾地方，一個遠離先前各地區（關都、城都、豐緣和神奧）的大陸。不像先前地區設定基於現實中的日本各地區的先例一樣，合眾地方基於紐約市。這一設計出自遊戲總監增田順一之手，他在為發售《口袋妖怪 鑽石·珍珠》而來到紐約之時萌生了這一創意。典例之一是遊戲的中心大都會飛雲市的設計自“布魯克林大橋式的懸索橋”和“巨型摩天樓”中得到了靈感。增田順一藉助飛雲市的街道，意在傳遞一種“社群感”。合眾地方擁有大面積的城市區域、港口、機場、娛樂公園、數座大橋和幾個山區。除了景觀的多樣性外，合眾地方的居民們同樣在膚色和職業方面差異很大。地區的日文名イッシュIsshu來自日文漢字多種tashu（意味“多種類”）和日文漢字一種isshu（意為“一個種類”）；縱觀合眾，在這裡棲息的多種多樣的人和神奇寶貝宛如一體。
1、主神獸區別：兩版本主神獸不同。黑2抓的是是黑色酋雷姆，白2抓的是白色酋雷姆。
2、鑰匙系統區別：通關之後，黑2獲得“挑戰鑰匙”，白2獲得“助手鑰匙”。黑色摩天樓第五區通關後，黑2獲得“摩天樓鑰匙”，白2獲得“樹洞鑰匙”。捕捉雷吉洛克後，黑2獲得“鐵鑰匙”，白2獲得“冰山鑰匙”。
3、野生精靈區別：小鴨嘴龍、跳跳豬、噗噗豬、卷卷耳、長耳兔、木棉球、風妖精、哥德寶寶、哥德小童、哥德小姐、毛頭小鷹是黑2專有的野生精靈。電擊怪、向尾喵、優雅貓、呆火駝、噴火駝、百合根娃娃、裙兒小姐、單卵細胞球、雙卵細胞球、人造細胞卵、禿鷹小子是白2專有的野生精靈。大甲黑2與赫拉克羅斯白2是版本專有的野生精靈，但在隱藏洞穴中，兩者在同一個版本中出現。獵斑魚黑2與櫻花魚白2是版本專有的野生精靈，但其未進化型珍珠貝在兩個版本中都有出現。擴充套件資料《黑白》的遊戲設定：《口袋妖怪 黑·白》的遊戲舞臺被設定在合眾地方，一個遠離先前各地區（關都、城都、豐緣和神奧）的大陸。不像先前地區設定基於現實中的日本各地區的先例一樣，合眾地方基於紐約市。這一設計出自遊戲總監增田順一之手，他在為發售《口袋妖怪 鑽石·珍珠》而來到紐約之時萌生了這一創意。典例之一是遊戲的中心大都會飛雲市的設計自“布魯克林大橋式的懸索橋”和“巨型摩天樓”中得到了靈感。增田順一藉助飛雲市的街道，意在傳遞一種“社群感”。合眾地方擁有大面積的城市區域、港口、機場、娛樂公園、數座大橋和幾個山區。除了景觀的多樣性外，合眾地方的居民們同樣在膚色和職業方面差異很大。地區的日文名イッシュIsshu來自日文漢字多種tashu（意味“多種類”）和日文漢字一種isshu（意為“一個種類”）；縱觀合眾，在這裡棲息的多種多樣的人和神奇寶貝宛如一體。