首先，委託培養這種方式，只有協議束縛，沒有相關法律條款，畢竟法律不可能在任何行業的細則上進行約束。所以你讓我交出法律條款來作證，抱歉啊，我不知道。只能對你的問題逐個解答一下，也只是我所知的範疇，僅作參考，不保證100%正確。

1、由於是定向委培，那麼委培單位要替你墊付學費，這也是協議的基礎條件，至於工資發放比例應該是各單位的規定，就我所知是不同的。申訴只能是找你的單位，法律只能證明這個協議是否有效，合理性是不管的。

2、如果你是脫產委培，那麼協議年限一般是從返回單位後開始計算，如果是半脫產，那麼應該是從入學開始，畢竟半脫產還是要上班的。是否補足工資，要看協議規定，無法律依據。

3、罰金不清楚，但至少應該是培訓費用×係數+工資（部分/全額）×係數。剩下的不知你所云何事。至少，不交罰金，別想調檔是肯定的。

4、委培有委培目標，是碩士還是博士都是定好的，當然不許你自作主張，如果有能力深造，要提前申請，改變協議要求。如果直接深造，說實話，你違約了。

5、你到底是自費還是委培啊，自費單位憑什麼給你補啊，不要想的那麼美好不好，再說靠學歷是你自己的提高，單位又沒有直接得到好處。

總結，你的問題很多，後路想的也很多，想要得到的很多但決定付出的很少。奉勸一句，得到任何東西都是有代價的，委培更是如此。