關於黑森林蛋糕名字的來歷有不少說法，比較流行的有三種：第一種認為，蛋糕表面的黑色巧克力碎屑讓人想起美麗的黑森林，故而得名。第二種說法是，黑森林盛產一種櫻桃酒，而這種櫻桃酒正是黑森林蛋糕中必不可少的配料。第三種說法則認為黑森林櫻桃蛋糕的前身可能是一種叫“Schwarzwaldtorte”的蛋糕，這種蛋糕用蛋糕坯、櫻桃和榛子加上奶油一起製成，但裡面並沒有新增櫻桃酒。據稱這種蛋糕來自於瑞士。

黑森林蛋糕的雛形最早應該出現於南黑森林附近。在收穫櫻桃的季節裡，當地的農婦們將樹上掉下來的甜、酸櫻桃一起用水煮開，然後放到盤子裡冷卻。到了晚上，她們擠完牛奶以後，便把牛奶表面形成的奶油撇出來。人們就用這種奶油拌著煮好的櫻桃作為甜點配上濃郁的進口咖啡享用，有些人在吃的時候也會加入一點櫻桃酒。

到了1915年，有一名叫做約瑟夫"凱勒的點心師宣稱，自己發明了黑森林櫻桃蛋糕。當時，這位點心師在巴德哥德斯堡市一間名叫阿格納的咖啡店裡工作。他獨創了一種讓奶油散發櫻桃酒香的方法，並別出心裁地給奶油和櫻桃的夾層加入了一個烤得顏色偏深的蛋糕底。一黑一紅映襯之下，紅的櫻桃愈發鮮豔，黑的糕底則愈發神秘，彷彿黑森林中一排排的冷杉，溫柔地烘托著嬌豔的主角。絕妙的創意，使得寂寂無名的點心師從此長留在了人們的腦海中。在凱勒的家鄉小鎮羅多夫策爾，甚至建起了一座關於黑森林蛋糕的博物館。

黑森林蛋糕的雛形最早出現於南部黑森林地區，黑森林區是德國西南的一個山區，從巴登巴登（BadenBaden）往南一直到弗萊堡（Freiburg）這帶，都屬黑森林區。相傳，每當櫻桃豐收時，農婦們除了將過剩的櫻桃製成果醬外，在做蛋糕時，也會大方地將櫻桃一顆顆塞在蛋糕的夾層裡，或是作為裝飾細心地點綴在蛋糕的表面。而在打製蛋糕的鮮奶油時，更會加入大量櫻桃汁。製作蛋糕坯時，麵糊中也加入櫻桃汁和櫻桃酒。這種以櫻桃與鮮奶油為主的蛋糕從黑森林傳到外地後，也就變成所謂的“黑森林蛋糕”了。