dna分子特性和電泳條件。
⑴dna分子大小dna分子越大在膠中的摩擦阻力就越大，泳動也越慢，遷移速率與線狀dna分子質量的對數值成反比。
⑵dna分子構型對於質粒dna分子即使具有相同分子質量，因構型不同也會造成電泳時受到的阻力不同，最終造成泳動速率的不同。常規電泳中質粒dna分子的3種構型泳動速率：超螺旋最快、線狀分子次之，開環分子最慢。
⑶不同的膠濃度對於同種dna分子膠濃度越高，電泳速率越慢。不同膠濃度對於dna片段呈線性關係有所區別，濃度較稀的膠線性範圍較寬，而濃的膠對小分子dna片段呈現較好的線性關係。所以常規實驗中對於小片段dna分子的分離採用高濃度的膠分離（有時甚至用2％的凝膠），而對於分離大片段則用低濃度的凝膠。
⑷電場強度
⑸溴化乙錠簡稱eb，電泳中的染色劑，具有扁平結構，能嵌入到dna鹼基對間，對線狀分子與開環分子影響較小而對超螺旋態的分子影響較大。當dna分子中嵌入的eb分子逐漸增多時，原來為負超螺旋狀態的分子開始向共價閉合環狀轉變，電泳遷移速度由快變慢；當嵌入的eb分子進一步增加時，dna分子由共價閉合環狀向正超螺旋狀態轉變，這時電泳遷移速率又由慢變快。這個臨界點的遊離eb質量濃度為0.1g/ml~0.5g/ml，即電泳時所加的濃度。因此一般電泳可以忽略此因素，而對於特殊電泳，消除此因素影響可採用電泳後染色。
⑹電泳緩衝液
dna分子特性和電泳條件。
⑴dna分子大小dna分子越大在膠中的摩擦阻力就越大，泳動也越慢，遷移速率與線狀dna分子質量的對數值成反比。
⑵dna分子構型對於質粒dna分子即使具有相同分子質量，因構型不同也會造成電泳時受到的阻力不同，最終造成泳動速率的不同。常規電泳中質粒dna分子的3種構型泳動速率：超螺旋最快、線狀分子次之，開環分子最慢。
⑶不同的膠濃度對於同種dna分子膠濃度越高，電泳速率越慢。不同膠濃度對於dna片段呈線性關係有所區別，濃度較稀的膠線性範圍較寬，而濃的膠對小分子dna片段呈現較好的線性關係。所以常規實驗中對於小片段dna分子的分離採用高濃度的膠分離（有時甚至用2％的凝膠），而對於分離大片段則用低濃度的凝膠。
⑷電場強度
⑸溴化乙錠簡稱eb，電泳中的染色劑，具有扁平結構，能嵌入到dna鹼基對間，對線狀分子與開環分子影響較小而對超螺旋態的分子影響較大。當dna分子中嵌入的eb分子逐漸增多時，原來為負超螺旋狀態的分子開始向共價閉合環狀轉變，電泳遷移速度由快變慢；當嵌入的eb分子進一步增加時，dna分子由共價閉合環狀向正超螺旋狀態轉變，這時電泳遷移速率又由慢變快。這個臨界點的遊離eb質量濃度為0.1g/ml~0.5g/ml，即電泳時所加的濃度。因此一般電泳可以忽略此因素，而對於特殊電泳，消除此因素影響可採用電泳後染色。
⑹電泳緩衝液