擊潰所有魔神柱後，就是與三名最終Boss的戰鬥。最終Boss的基本資料和行動模式已經總結在圖中。

所羅門是最簡單的Boss，也就是曾在第四章作為黑幕出現過的版本。職階為Caster，可用騎階或狂階剋制。

需要警戒的只有閃避技能，可參考圖中描述的行動模式來合理規避，也可以準備必中或無敵貫通強行突破。

魔神王即為FGO第一部的Boss，職階Beast Ⅰ ，推薦使用騎術殺狂等下四騎從者進行挑戰。

首次戰鬥只需要撐場到魔神王開出寶具為止，但這之後直到通關終章，在任何關卡中都將無法使用瑪修出戰。

第二次戰鬥最危險的是魔神王的開場寶具，除加防·降攻的偽無敵戰術以外就只有戰鬥續行能抗住寶具而不死。常規打法推薦玩家使用3名炮灰從者作為首發來吃下寶具。因魔神王開局發動的耐性Buff極為強力，所以前3回合內無法進行寶具輸出，需要等到Buff自然消失。

因行為模式相對固定，故戰鬥中需要注意的地方不多，即使魔神王平A傷害不低，大多數玩家也都能憑藉強力輸出從者強攻解決戰鬥。若實在難以硬吃下魔神王，也可考慮單挑戰術，使用裝備羈絆禮裝雪之城的赫拉克勒斯在單挑戰鬥中極為強力，可以作為最後手段。

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最終戰Boss為人王蓋提亞，實際職階剋制關係相當於盾階，無任何剋制。

相比魔神王，人王直接攻擊的頻率更高，傷害更低。兩個可自由發動的技能平均每3回合才有一次使用機會，攻略的難點還是在於指環技能。

十個指環技能效果已在上圖標出，發動規律極為簡明。若玩家一次性給人王造成10w以上的傷害而達成了多個指環技能的使用條件，在接下來的行動中則會連續釋放指環技能，若多於3個，剩餘的指環技能在下回合繼續釋放。

第十指環將直接充滿人王的寶具蓄力，但同時會使其HP減為1，換言之即使玩家隊伍輸出不足，只需要將人王HP削減至20w以下就能結束戰鬥。強攻自不必說，無法強攻的玩家可以使用梅林或藍卡隊伍緩磨血量來堅持到勝利。