在MBR硬碟中，分割槽資訊直接儲存於主引導記錄（MBR）中（主引導記錄中還儲存著系統的載入程式）。

但在GPT硬碟中，分割槽表的位置資訊儲存在GPT頭中。但出於相容性考慮，硬碟的第一個扇區仍然用作MBR，之後才是GPT頭。

跟現代的MBR一樣，GPT也使用邏輯區塊位址（LBA）取代了早期的CHS定址方式。傳統MBR資訊儲存於LBA 0，GPT頭儲存於LBA 1，接下來才是分割槽表本身。64位Windows作業系統使用16,384位元組（或32扇區）作為GPT分割槽表，接下來的LBA 34是硬碟上第一個分割槽的開始。

蘋果公司曾經警告說：“不要假定所有裝置的塊大小都是512位元組。”一些現代的儲存裝置如固態硬碟可能使用1024位元組的塊，一些磁光碟（MO）可能使用2048位元組的扇區（但是磁光碟通常是不進行分割槽的）。一些硬碟生產商在計劃生產4096位元組一個扇區的硬碟，但截至2010年初，這種新硬碟使用韌體對作業系統偽裝成512位元組一個扇區。

使用英特爾架構的蘋果機也使用GPT。

為了減少分割槽表損壞的風險，GPT在硬碟最後儲存了一份分割槽表的副本。 簡單點說MBR格式硬碟扇區大小為512位元組，GPT要大得多，1024-4096都可以。