故事開始主人公唐三，由於自己是唐門的外門弟子，偷學了唐家內門功法，被唐門長老追殺，被追到懸崖邊，唐三由於心存對唐門的感激，把自己製造的第一暗器佛怒唐蓮送給了長老，自己跳下懸崖自殺，沒想到這小子穿越了，故事開始，唐三的父親是唐昊，娶了一隻10萬年修為的魂獸，生下了唐三，唐三從小就是雙生武魂，先天滿魂力，武魂殿千尋疾追殺唐三母親，被唐昊打傷，回去不久就死了，唐三也是一路修煉就是為了重塑唐門，但得知自己殺母仇人之後就開始準備覆滅武魂殿，武魂殿教皇比比東也是雙生武魂，先天滿魂力，武魂都是蜘蛛。

隨著一起成長，唐三喜歡上了身邊的小舞，誰知小舞也是10萬年魂獸，這一對父子的小編就搞不明白了，為什麼都喜歡“人獸”，可能是家族基因，高階魂師大賽結束，小舞暴露，比比東下令殺了小舞，此時唐昊出現成功救下，自己的兒子和兒媳婦，隨後唐三為了追求力量跟自己的父親修煉，為了保護小舞，刻苦修煉，隨後去獲取殺神領域，史萊克七怪重新見面，唐三樣貌大變，並且也覺醒了藍銀領域和殺神領域，不料比比東找到小舞大下殺手，唐三沒能保護好小舞，小舞的結局和唐三母親一樣，選擇獻祭自己，給唐三加了10萬年的魂環，隨後走掉，比比東也是受傷，自此以後，唐三覺得自己和比比東的仇不共戴天，就再次去選擇修行，這次他選擇了修神之路，去參加海參考驗，當到第七關過了，獲得了一把神器海神三叉戟，重十萬八千斤，獲得了一般神的力量，此時武魂殿比比東對七寶琉璃宗以及藍電霸王龍家族進行滅門，唐三趕回幫助天鬥，星羅兩大帝國打武魂殿，並建立了自己的唐門，作出了一大批暗器參與戰爭，第一次大戰兩大帝國落敗，休戰期間，唐三選擇在此修神之路，完成沒有完成的考驗。

誰知比比東的女兒千仞雪一直埋伏在天鬥帝國，並且易容成皇子，最後的千仞雪身穿六件天使神裝，追殺唐三，此時唐三隻是半個海神，但是唐三還是僥倖逃走了，最終獲得海神神位，昊天錘全部是10萬年的紅環，再次回到戰爭，就是兩位神的戰鬥，誰知道比比東也成神，面對一打二，唐三落敗，就在最後，主角光環爆發，唐三覺醒修羅神，雙神位，拿下比比東。比比東死的時候希望唐三不要傷害自己的女兒，唐三也同意了，報仇之後就和小舞過神的生活。

小說主要描繪了一個名叫斗羅大陸的武魂世界。唐門外門弟子唐三，因偷學內門絕學而為唐門所不容，跳崖明志時卻發現穿越到另一個世界，即斗羅大陸的聖魂村。這裡沒有魔法，沒有武術，沒有戰鬥力，卻有神奇的武魂。這裡的每個人在6歲的時候，都會在武魂殿中在魂師的幫助下進行武魂覺醒。武魂有動物，有植物，有器物，武魂可以輔助人們的日常生活，有特殊天賦的人可以用之修煉並進行戰鬥。唐三一步步修煉武魂，由人修煉為神，最終剷除了斗羅大陸上的邪惡力量，報了殺母之仇，成為斗羅大陸最強者的故事。