數學建模可以看做是一個簡單的、化簡了的科學研究的案例，所以它具有很多科學研究的特質，這也就是它們的相同點。但，在更大程度上，則可以說科學研究不僅是簡單的數學建模，兩者具有很多不同點。
數學建模和科學研究相同點有（但不侷限於）以下幾點：
1、所使用的論證和研究方法要明確、科學、符合某種邏輯；
2、其總體目標都是更好的解釋、理解所研究的物件、問題，更甚者是整個自然界；
3、所得到的結果應該是能被其他同行重複論證、證明，可以透過理論論證，也可以是透過試驗或實驗證明的；
4、無論從事研究的人的自身屬性如何，上述方法、論證和其結果均不會不同，也就是說：數學建模和科學研究一樣，其方法和論證過程及其結果，不應該隨著研究者的自身屬性而變化。
當然，兩者的不同點也很多，從理論上來說，最主要的不同點有（但不侷限於）以下幾點：
1、數學建模面對的是相對明確的問題，而科學研究（尤其是純理論的基礎研究）在大多數情況下是靠興趣推動的、靠人類的好奇心推動的，一般而言沒有特別明確的要解決的問題；
2、一般情況下，數學建模有著十分明確的目標，而科學研究（尤其是純理論的基礎研究）在大多數情況下則沒有特別明確的目標；
3、數學建模的最終結果往往呈現為一個模型、一個結果或者是一個方案等等，但科學研究的結果則形式多樣，有時可能是確定的結論，有時則不然。比如：偉大的德國數學家希爾伯特在1900年提出了23個數學問題（注意，僅僅是提出了問題，並沒有解出）。這23個數學問題每一個都是相應領域的重要的問題，有些問題很快得到解決，有些問題至今仍未解決。從數學史上看，這23個數學問題在某種程度上甚至決定了其後直至今日的數學的發展。
數學建模可以看做是一個簡單的、化簡了的科學研究的案例，所以它具有很多科學研究的特質，這也就是它們的相同點。但，在更大程度上，則可以說科學研究不僅是簡單的數學建模，兩者具有很多不同點。
數學建模和科學研究相同點有（但不侷限於）以下幾點：
1、所使用的論證和研究方法要明確、科學、符合某種邏輯；
2、其總體目標都是更好的解釋、理解所研究的物件、問題，更甚者是整個自然界；
3、所得到的結果應該是能被其他同行重複論證、證明，可以透過理論論證，也可以是透過試驗或實驗證明的；
4、無論從事研究的人的自身屬性如何，上述方法、論證和其結果均不會不同，也就是說：數學建模和科學研究一樣，其方法和論證過程及其結果，不應該隨著研究者的自身屬性而變化。
當然，兩者的不同點也很多，從理論上來說，最主要的不同點有（但不侷限於）以下幾點：
1、數學建模面對的是相對明確的問題，而科學研究（尤其是純理論的基礎研究）在大多數情況下是靠興趣推動的、靠人類的好奇心推動的，一般而言沒有特別明確的要解決的問題；
2、一般情況下，數學建模有著十分明確的目標，而科學研究（尤其是純理論的基礎研究）在大多數情況下則沒有特別明確的目標；
3、數學建模的最終結果往往呈現為一個模型、一個結果或者是一個方案等等，但科學研究的結果則形式多樣，有時可能是確定的結論，有時則不然。比如：偉大的德國數學家希爾伯特在1900年提出了23個數學問題（注意，僅僅是提出了問題，並沒有解出）。這23個數學問題每一個都是相應領域的重要的問題，有些問題很快得到解決，有些問題至今仍未解決。從數學史上看，這23個數學問題在某種程度上甚至決定了其後直至今日的數學的發展。