隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工藤優作因發現組織的龐大而拜託國際刑警插手。在日本警方及柯南的協助下幾次阻止了其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工藤新一獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生命要挾其製作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在一天內製作出解藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團……
柯南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而一切被蘭看到。在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下一份血書，寫有黑暗云云。內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。因而黑暗組織一直得到政府暗中支援而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放了哀，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德假扮的。大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而後來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出柯南是新一的秘密，交給柯南一份血書，要求其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。柯南解開血書之謎，原來是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當場……
蘭趕到現場，正碰到Gin要柯南留遺言。柯南對蘭道出真相併表白後Gin開槍，蘭替柯南擋下子彈。哀對此震驚不已……柯南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中一同從樓上跌下。
對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺柯南。而對coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工藤優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍羅大打出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女政治家Gino的私生子的秘密後自殺。Cris此時說出自己是美國安插在組織裡的間諜，原來美國也想控制組織。基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變回小孩。
黑暗組織被偵破，而解藥只剩下一顆。哀被診斷為腦震盪，醒來後只記得眾人名字而對其他忘的一乾二淨。蘭仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。服部建議柯南變回新一來喚醒蘭，柯南只好如此。而柯南變身時被布美看到。
深夜布美來到病房偷吻了新一後離去，並與光彥，元太約定保守新一的秘密。
蘭終於在新一的悉心照料下康復。
由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新一及蘭一起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道柯南是新一而故意不說破的真相。
夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和柯南的照片垂淚……
柯南迷們，你們覺得會結局嗎？？？（哀不能這麼慘的！！！不可能的！）請在下寫出合理的結釋~~~
題外話：青山岡昌要出大結局了，關於結局究竟如何在此就不提了（主要是因為舊事重提會讓人傷心）。不難想象，結局出版以後會引起怎樣的波瀾。首先，某些哀迷會衝到日本他的老家，然後進行大肆抗議，逼得他不得不再寫續集，讓哀死而復生。這種可能不是沒有，比如當年柯南道爾把福爾摩斯寫死了，福爾摩斯迷們就紛紛上門抗議，柯南道爾不得不讓他再“活過來”。前段時間哈利波特的“死刑”也是鬧得沸沸揚揚，哈利波特迷也打算效仿當年的福爾摩斯迷來鬧，不讓羅琳把哈利波特寫死。所以哀迷也有可能這麼做。
還有一種可能，沒有那麼瘋狂。哀迷們會把青山罵個半死，但是不會舟車勞頓地跑他老家去逼他。有些哀迷會試著自己寫續集，寫出個大團圓結局來。但是這樣的效果不會太好，卻也是最可能發生的。
當然，傳聞畢竟是傳聞，或許哀不會死，甚至會和柯南在一起。但這種可能性更小。如果是這樣，哀迷們估計會高興死。
隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工藤優作因發現組織的龐大而拜託國際刑警插手。在日本警方及柯南的協助下幾次阻止了其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工藤新一獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生命要挾其製作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在一天內製作出解藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團……
柯南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而一切被蘭看到。在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下一份血書，寫有黑暗云云。內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。因而黑暗組織一直得到政府暗中支援而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放了哀，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德假扮的。大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而後來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出柯南是新一的秘密，交給柯南一份血書，要求其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。柯南解開血書之謎，原來是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當場……
蘭趕到現場，正碰到Gin要柯南留遺言。柯南對蘭道出真相併表白後Gin開槍，蘭替柯南擋下子彈。哀對此震驚不已……柯南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中一同從樓上跌下。
對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺柯南。而對coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工藤優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍羅大打出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女政治家Gino的私生子的秘密後自殺。Cris此時說出自己是美國安插在組織裡的間諜，原來美國也想控制組織。基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變回小孩。
黑暗組織被偵破，而解藥只剩下一顆。哀被診斷為腦震盪，醒來後只記得眾人名字而對其他忘的一乾二淨。蘭仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。服部建議柯南變回新一來喚醒蘭，柯南只好如此。而柯南變身時被布美看到。
深夜布美來到病房偷吻了新一後離去，並與光彥，元太約定保守新一的秘密。
蘭終於在新一的悉心照料下康復。
由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新一及蘭一起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道柯南是新一而故意不說破的真相。
夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和柯南的照片垂淚……
柯南迷們，你們覺得會結局嗎？？？（哀不能這麼慘的！！！不可能的！）請在下寫出合理的結釋~~~
題外話：青山岡昌要出大結局了，關於結局究竟如何在此就不提了（主要是因為舊事重提會讓人傷心）。不難想象，結局出版以後會引起怎樣的波瀾。首先，某些哀迷會衝到日本他的老家，然後進行大肆抗議，逼得他不得不再寫續集，讓哀死而復生。這種可能不是沒有，比如當年柯南道爾把福爾摩斯寫死了，福爾摩斯迷們就紛紛上門抗議，柯南道爾不得不讓他再“活過來”。前段時間哈利波特的“死刑”也是鬧得沸沸揚揚，哈利波特迷也打算效仿當年的福爾摩斯迷來鬧，不讓羅琳把哈利波特寫死。所以哀迷也有可能這麼做。
還有一種可能，沒有那麼瘋狂。哀迷們會把青山罵個半死，但是不會舟車勞頓地跑他老家去逼他。有些哀迷會試著自己寫續集，寫出個大團圓結局來。但是這樣的效果不會太好，卻也是最可能發生的。
當然，傳聞畢竟是傳聞，或許哀不會死，甚至會和柯南在一起。但這種可能性更小。如果是這樣，哀迷們估計會高興死。